ก่อนจัดตั้งโรงเรียนนี้นักเรียนในหมู่บ้านไปอาศัยเรียนที่โรงเรียนบ้านถ่อน ครั้นเมื่อวันที่ 20 กันยายน 2504 นายกิ่ง  เนียมทรัพย์ นายอำเภอพรรณานิคมได้จัดตั้งโรงเรียนนี้ขึ้นตามงบประมาณที่ได้รับอนุมัติจากกระทรวงศึกษาธิการ โดยมีหนังสือของอำเภอที่ 4373/2504 ลงวันที่ 8 กันยายน 2504 ทางราชการได้ส่งให้

นายประดิษฐ์  กบิลพัฒน์ ครูใหญ่โรงเรียนบ้านถ่อนมาประชุมประชาชนในหมู่บ้านกุดน้ำขุ่นทำพิธีเปิดโรงเรียนนี้ใช้สถานที่ชาวบ้านสร้างให้สำนักสงฆ์เป็นสถานที่เรียนแบบไทยกว้าง 4 เมตร ยาว 6 เมตร โดยมีนายอำเภอเป็นประธานให้โรงเรียนนี้ชื่อว่า โรงเรียนบ้านกุดน้ำขุ่น โรงเรียนนี้ดำรงอยู่ได้โดยงบประมาณประถมศึกษามาเป็นเงินเดือนครู และจัดสอนตามหลักสูตรประถมศึกษาตอนต้นของกระทรวงศึกษาธิการ

ทำการสอนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 4 ทางราชการได้แต่งตั้งนายวิโรจน์  ศรีสุทัศน์ ครูใหญ่โรงเรียนบ้านพอกใหญ่มารักษาการในตำแหน่งครูใหญ่

                ในวันที่ 1 ตุลาคม 2509 โรงเรียนประชาบาลทุกโรงเรียนทั่วประเทศได้โอนไปสังกัดองค์การบริหารส่วนจังหวัดสกลนคร รวมทั้งครูและนักเรียนโรงเรียนนี้ด้วยตั้งแต่วันที่ 1 ตุลาคม 2509 ตามพระราชบัญญัติเกี่ยวกับการศึกษาประชาบาลการเงินและเงินเดือนครู เงินอื่น ๆ ก็ต้องทำการเบิกจากองค์การบริหารส่วนจังหวัดระเบียบเกี่ยวกับการสอนคงดำเนินตามระเบียบกระทรวงศึกษาธิการ วันที่ 8 กรกฎาคม 2511 โรงเรียนบ้านกุดน้ำขุ่นเดิมเป็นอาคารเก่าคับแคบชำรุดทรุดโทรม ทางราชการใช้เงินงบประมาณในการก่อสร้างโรงเรียนนี้ใหม่ ตามหนังสือของทางอำเภอพรรณนานิคมด่วนมากที่ 52/2185 ลงวันที่ 8 กรกฎาคม 2511

เรื่องเร่งรัดงานก่อสร้าง ซ่อมแซมโดยให้สร้างโรงเรียนบ้านกุดน้ำขุ่นหลังใหม่ตามแบบ ป. 1 ช ของกรมสามัญศึกษาธิการ มีความกว้าง 8.50 เมตร ยาว 18 เมตร  2 ห้องเรียน ดำเนินการยกเสาขึ้นเมื่อวันที่ 19 สิงหาคม 2511 จนถึงวันที่ 22 พฤศจิกายน 2511 จึงแล้วเสร็จในวงเงิน 50,000(ห้าหมื่นบาทถ้วน) ใช้ที่ดินของชาวบ้านมอบให้เป็นที่ปลูกสร้างห่างจากที่ดินเดิม 15 เส้น อยู่ทางทิศตะวันตกของหมู่บ้านและขึ้นเรียนหลังใหม่ในวันที่ 18 ธันวาคม 2511 ส่วนหลังเดิมเป็นของวัดจึงมอบให้วัด จึงใช้หลังใหม่เป็นสถานที่ศึกษาเล่าเรียนต่อมา

                วันที่ 25 สิงหาคม 2533 ทางโรงเรียนได้ก่อสร้างอาคารสำหรับใช้เป็นที่รับประทานอาหารกลางวันของนักเรียน โดยใช้ไม้และสังกะสีซึ่งชาวบ้านและคณะครูร่วมกันบริจาคให้มาสร้างเป็นอาคารไม้ชั้นเดียว

พื้นติดดินขนาดกว้าง 5 เมตร ยาว 6 เมตร สูง 6 เมตร คิดเป็นมูลค่าประมาณ 10,000บาท ใช้เวลาในการก่อสร้าง 1 วัน ก็ยกโครงมุงหลังคาเสร็จเรียบร้อย  วันที่  10 พฤษภาคม 2534  ทางคณะครูละชาวบ้านได้ร่วมกันสร้างอาคารสำหรับใช้เป็นที่ตีปิงปองของนักเรียน โดยใช้ไม้และสังกะสีพื้นติดดินขนาด กว้าง 3 เมตร ยาว 4 เมตร ใช้เวลาในการก่อสร้าง 1 วัน  คิดเป็นมูลค่า 5,000 บาท

                ปีงบประมาณ 2540 ทางราชการได้จัดสรรงบประมาณในการก่อสร้างอาคารเรียนหลังใหม่แบบ สปช. 104/26 ให้กับโรงเรียนนี้ โดยใช้งบประมาณในการก่อสร้าง 850,000 บาท ลงมือสร้างตั้งแต่ วันที่ 11 กันยายน 2540 จนถึงวันที่ 29 ธันวาคม 2540 การก่อสร้างก็เสร็จเรียบร้อย วันที่ 16 กุมภาพันธ์ 2543 ทางโรงเรียนได้สร้างป้ายชื่อโรงเรียนโดยใช้เงินบำรุงการศึกษาเป็นเงินงบประมาณในการก่อสร้างจำนวน 10,000 บาท และสร้างประตูเหล็กของรั้วโรงเรียนจำนวน 5,000 บาท เสร็จในวันที่ 13 มีนาคม 2543

                ปัจจุบันโรงเรียนบ้านกุดน้ำขุ่น    ตั้งอยู่ที่   หมู่ที่ 3  บ้านกุดน้ำขุ่น  ตำบลเชิงชุม อำเภอพรรณานิคม   จังหวัดสกลนคร   รหัสไปรษณีย์   47130   สังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน