โรงเรียนบ้านบึง เดิมชื่อ โรงเรียนประชาบาลตำบลพอกน้อย 2 (บ้านสมสะอาด) ตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 20 กุมภาพันธ์ 2472 รองอำมาตย์เอกหลวงพินิจพรมเขต  นายอำเภอพรรณนานิคมเป็นผู้จัดตั้ง  โดยอาศัยศาลาการเปรียญวัดสมสะอาดเป็นสถานที่เล่าเรียน  โรงเรียนดำรงอยู่ด้วยเงินศึกษาพลีจ่ายเป็นเงินเดือนครูและค่าใช้สอย  เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้น ป.1 -  ป.3  ตามหลักสูตรกระทรวงศึกษาธิการ  ทำการสอนตั้งแต่เวลา  09.00 น.- 15.00 น.  หยุดเรียนวันโกนครึ่งวัน  วันพระเต็มวัน   โดยนายทองวาส  ชินบล  เป็นครูใหญ่คนแรกตั้งแต่ พ.ศ. 2472  ถึง พ.ศ.2474 จึงได้ย้ายไปดำรงตำแหน่งครูใหญ่โรงเรียนประชาบาลตำบลหนองลาด 1 (วัดหนองลาด)   ครั้นเมื่อวันที่  15  เมษายน  2475  เกิดภาวะเศรษฐกิจตกต่ำ  การเงินฝืดเคือง   ทางราชการจึงได้ยุบเลิกโรงเรียนเป็นการชั่วคราว  แล้วมาจัดตั้งขึ้นใหม่เมื่อวันที่ 17 สิงหาคม 2476  และได้แยกโรงเรียนนี้ออกเป็น 7 โรง คือแยกไปเรียนที่ศาลาการเปรียญวัดบ้านคางฮุง เมื่อวันที่ 17 สิงหาคม 2476 และแยกมาเรียนที่ศาลาการเปรียญวัดบ้านบึง เมื่อวันที่ 31 สิงหาคม 2476 แต่งตั้งให้ นายสี ปัญญาประชุม เป็นครูใหญ่ ต่อมาเมื่อวันที่ 3 กันยายน 2482  ได้แต่งตั้งนายบุญกอง แก้วก่า มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่แทน  เมื่อทางราชการได้เรียกตัวนายบุญกอง แก้วก่า ไปช่วยราชการ จึงได้แต่งตั้ง นายคง บุตราช มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่  และในวันที่ 9 มิถุนายน 2487 นายเตียน ก้อนแพง ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นผู้รักษาการแทนชั่วคราว ต่อมา นายชาลี ไชยชมพู ได้รับการแต่งตั้งให้มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่  เมื่อ พ.ศ.2487 มีการเปลี่ยนแปลงเกี่ยวกับวันหยุดเรียนในรอบสัปดาห์ คือ วันเสาร์หยุดครึ่งวัน วันอาทิตย์หยุดเต็มวัน เมื่อปี พ.ศ.2490 ได้แต่งตั้งนายนวล ฟองอ่อน มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่ และในปีพ.ศ. 2493  ได้แต่งตั้ง นายวันทา สายสร้อย  มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่  เมื่อวันที่ 10 ตุลาคม 2493 ได้แต่งตั้ง นายนิยุต ทองธิราช มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่และในปี พ.ศ. 2493 นี้เองได้เปลี่ยนชื่อโรงเรียนใหม่เป็น โรงเรียนบ้านบึง

และได้ทำการปลูกสร้างอาคารเรียนถาวรเป็นเอกเทศตามแบบ ป.2 พิเศษ มีมุกข้าง ได้ลงมือก่อสร้างเมื่อ พ.ศ.2496  เมื่อแล้วเสร็จได้จัดทำการเรียนการสอนนักเรียน เมื่อ พ.ศ.2497 อาคารหลังนี้ได้ก่อสร้างขึ้นโดยความร่วมมือของคณะครูและชาวบ้านบึง ทางราชการให้ทุนสมทบ และทำพิธีเปิดป้ายเมื่อวันที่ 11 กุมภาพันธ์ 2497 และเมื่อวันที่ 11 ธันวาคม 2502 ได้แต่งตั้ง นายบุญลึก สารพรม มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่  ในวันที่ 9 ตุลาคม พ.ศ.2504 ได้แต่งตั้ง นายเจียม ซาตะรักษ์ มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่ ต่อมาในปี พ.ศ.2509 ได้แต่งตั้ง นายนวล ฟองอ่อน มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่  ในวันที่ 4 พฤศจิกายน 2514 ได้แต่งตั้ง นายสินธุ์ วงศ์แสง มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่

ในเดือนพฤษภาคม 2515 ได้ทำการก่อสร้างอาคารเรียนแบบ 024 ขนาด 9 x 27 เมตร จำนวน 3 ห้องเรียน เป็นอาคารไม้ชั้นเดียว พื้นเทคอนกรีต โครงหลังคาและฝาเป็นไม้มุงสังกะสี แล้วเสร็จเมื่อ พ.ศ.2516  ในปีนี้เองได้ขยายชั้นเรียนถึง ป.5 และได้แต่งตั้ง นายประสงค์ หัวเมืองราช มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่ ต่อมาในปี พ.ศ. 2518 ขยายชั้นเรียนจนถึง ป.7  เมื่อวันที่ 21 พฤษภาคม 2519 ได้แต่งตั้ง นายตองอ่อน สนิทนา มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่  เมื่อปี พ.ศ.2520 ทางราชการได้ย้ายนายตองอ่อน สนิทนา ไปดำรงตำแหน่งครูใหญ่ที่โรงเรียนบ้านนาหัวบ่อ ทางโรงเรียนจึงแต่งตั้ง นายสำราญ เทพิน มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่แทน ในระหว่าง พ.ศ. 2521 – พ.ศ. 2522 นายสำราญ เทพิน ได้ลาศึกษาต่อจึงได้มอบหมายงานในหน้าที่ครูใหญ่ให้ นายทัน สาตะรักษ์ เป็นผู้รักษาราชการแทน

ในปี พ.ศ. 2522 โรงเรียนได้รับงบประมาณให้ก่อสร้างอาคารเรียน 1 หลัง ตามแบบ ป.1 ก (กรมสามัญศึกษา) ขนาด 9 x 36 เมตร  จำนวน 4 ห้องเรียน เป็นอาคารเรียนชั้นเดียว ตัวอาคารเป็นคอนกรีตเสริมเหล็ก โครงหลังคาเหล็กมุงด้วยกระเบื้อง ทำการก่อสร้างแล้วเสร็จเมื่อวันที่ 16 กุมภาพันธ์ 2522 จำนวนเงินก่อสร้าง 400,000 บาท (สี่แสนบาทถ้วน) และทางโรงเรียนได้เข้าทำการเรียนการสอน เมื่อวันที่ 11 พฤษภาคม 2522 เมื่อวันที่ 6 สิงหาคม 2523 ได้แต่งตั้ง นายสุริยศักดิ์ ศรีละคร มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่แทน นายสำราญ เทพิน

ปี พ.ศ. 2524  โรงเรียนได้รับงบประมาณจากทางราชการ (งบพัฒนาจังหวัด) จำนวน 10,000 บาท (หนึ่งหมื่นบาทถ้วน) ทำการสร้างรั้วหน้าโรงเรียนเป็นรั้วลวดหนาม เสาคอนกรีตเสริมเหล็กสูง 2 เมตร เป็นระยะทางยาว 200 เมตร เสร็จเรียบร้อย ใช้เสาคอนกรีตเสริมเหล็กทั้งสิ้น 100 ต้น และในวันที่ 1 พฤษภาคม 2526  ได้แต่งตั้ง นายทวีศักดิ์ กิตติธรรม มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่  เมื่อวันที่ 19 มกราคม 2527 สำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดสกลนคร ได้มีคำสั่งสำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดสกลนครที่ 18/2527 ลงวันที่ 19มกราคม 2527 เรื่องเลื่อนและแต่งตั้งข้าราชการครู ย้ายนายทวีศักดิ์ กิตติธรรม ไปดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่โรงเรียนชุมชนนาดีหนองไผ่ สปอ.พรรณานิคม  ต่อมาเมื่อวันที่ 22 มีนาค 2527  สำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดสกลนคร ได้มีคำสั่งสำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดสกลนครที่ 144/2527 ลงวันที่ 22 มีนาคม 2527 เรื่องแต่งตั้งข้าราชการครู แต่งตั้ง นายประชัน กางทอง ดำรงตำแหน่งครูใหญ่แทน

เมื่อวันจันทร์ที่ 27 กุมภาพันธ์ 2527 ได้ทำการรื้อถอนอาคารเรียนแบบ ป.2 พิเศษ ซึ่งชำรุดทรุดโทรมมากใช้การไม่ได้ ได้รับการอนุญาตรื้อถอนตามหนังสือที่ ศธ  146204/5449 ลงวันที่ 10 พฤศจิกายน 2526 และตามหนังสือที่ ศธ 146204/272 ลงวันที่ 13 กรกฎาคม 2527 การรื้อถอนครั้งนี้ได้รับความร่วมมือจากชาวบ้านบึงและคณะครู ร่วมกันพัฒนาแบบประชาอาสา โดยไม่ใช้งบประมาณของทางราชการ

ต่อมาเมื่อวันที่ 15 มีนาคม 2527 ได้ปลูกสร้างอาคารเอนกประสงค์ (โรงประชุม) โดยนำวัสดุที่รื้อถอนอาคารแบบ ป.2 พิเศษ มาปลูกสร้าง การปลูกสร้างในครั้งนี้ นายประสิทธิ์ จันทร์คามคำ หัวหน้าการประถมศึกษาอำเภอพรรณนานิคม ให้เกียรติมาร่วมเป็นประธานยกเสาเอกในวันปลูกสร้าง การดำเนินการได้รับแรงงานจากชาวบ้านบึงร่วมพัฒนาจนแล้วเสร็จเมื่อเดือนตุลาคม 2527

พ.ศ. 2527 ได้รับงบประมาณจากสำนักงานคณะกรรมการการระถมศึกษาแห่งชาติ กระทรวงศึกษาธิการ ให้ก่อสร้างอาคารเรียนแบบ สปช.202/2526 ขนาด 10 x 12 เมตร ลักษณะอาคารเป็นอาคารคอนกรีตพื้นติดดิน

พ.ศ. 2537 ได้รับงบประมาณจากสำนักคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ  กระทรวงศึกษาธิการ ให้ก่อสร้างอาคารเรียนแบบ สปช.105/2529 ขนาด 6 x 36 เมตร ลักษณะอาคารเป็นอาคารคอนกรีต 2 ชั้น ใต้ถุนสูง

พ.ศ. 2539 โรงเรียนได้เปิดเป็นโรงเรียนขยายโอกาสทางการศึกษา ภาคบังคับ  9  ปี  ตั้งแต่ระดับก่อนประถมศึกษา ระดับประถมศึกษา และระดับมัธยมศึกษาตอนต้น และเป็นโรงเรียนปฏิรูปการศึกษา พ.ศ. 2545 โรงเรียนได้เปิดใช้หลักสูตรสถานศึกษาพุทธศักราช 2544  และ หลักสูตรสถานศึกษาพุทธศักราช 2551

พ.ศ. 2548 ได้รับงบประมาณ CEO จากจังหวัดสกลนคร ก่อสร้างห้องสมุดโรงเรียน

พ.ศ. 2551 ได้ต่อเติมโรงอาหารเดิมแบบชั่วคราว เป็นโรงอาหารและห้องประชุม โดยได้รับเงินบริจาค จากคณะครู กรรมการสถานศึกษาขั้นพื้นฐาน ผู้ปกครองนักเรียน ชุมชน สมทบทุนต่อเติม

พ.ศ. 2553  ได้ก่อสร้างห้องพัสดุครุภัณฑ์ โดยได้รับเงินบริจาคจากคณะครู กรรมการสถานศึกษาขั้นพื้นฐาน ผู้ปกครองนักเรียน ชุมชน สมทบทุนต่อเติม

พ.ศ. 2554  ได้ซ่อมแซมอาคารเรียนแบบ 024 โดยได้รับเงินบริจาคจากคณะครู กรรมการสถานศึกษาขั้นพื้นฐาน ผู้ปกครองนักเรียน ชุมชน สมทบทุนก่อสร้าง

และในวันที่  29  พฤศจิกายน 2554  สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสกลนคร เขต 2  ได้มีคำสั่งสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสกลนคร เขต 2 ที่ 4789/2554 ลงวันที่ 29 พฤศจิกายน 2554 เรื่องแต่งตั้งข้าราชการครูและบุคลากรทางการศึกษา แต่งตั้ง นายประพันธ์เด่น การุญ  มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านบึง