โรงเรียนบ้านหนองแอก ตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 9 กันยายน 2484 ชื่อโรงเรียนมาย 9 โดยขึ้นกับอำเภอวานรนิวาส จังหวัดสกลนคร ได้อาศัยศาลาวัดเป็นที่เรียน มีนักเรียนมาเรียนรวมกัน  2  หมู่บ้าน คือบ้านหนองแอกและบ้านโนนไทย  เปิดสอนระดับชั้น ป. 1 – ป.4    เมื่อปี พ.ศ. 2494 ชาวบ้านได้ล้มป่วยเป็นโรคระบาดจึงได้ย้ายไปตั้งบ้านใหม่ ซึ่งห่างจากบ้านเดิมไปทางทิศตะวันตกเฉียงใต้ประมาณ 1 กิโลเมตร อยู่ระหว่างบ้านหนองแอกและบ้านโนนไทย ให้ชื่อว่าบ้านโคกเจริญ ซึ่งขณะนั้นมีผู้ใหญ่บ้านชื่อ นายเกิ้น วงศ์สอน ได้ปรึกษากับครูใหญ่ทำเรื่องขอย้ายโรงเรียนไปด้วย  โดยอาศัยกุฎิพระเป็นที่เรียน ต่อมาประมาณ 6   เดือน เหตุการณ์ต่างๆ ได้สงบลง ชาวบ้านจึงย้ายกลับมาที่บ้านหนองแอกอีกครั้งหนึ่ง ขณะนั้นครูใหญ่ที่ดำรงตำแหน่งอยู่ ก็ได้ทำเรื่องขอย้ายโรงเรียนกลับมายังบ้านหนองแอกอีกด้วย  โดยอาศัยศาลาวัดเป็นที่เรียนเหมือนเดิม  ต่อมาจึงได้รับงบประมาณสร้างอาคารเรียน และ โรงเรียนได้เปิดทำการเรียนการสอนถึงระดับมัธยมศึกษาตอนต้น เมื่อปี พ.ศ.2539 จนถึงปัจจุบัน