โรงเรียนบ้านคำภูทอง ศูนย์เครือข่ายสถานศึกษาบ่อแก้วโนนสะอาด ตำบลบ่อแก้ว อำเภอ บ้านม่วง  จังหวัดสกลนคร  สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสกลนคร  เขต  3  ก่อตั้งขึ้นเมื่อ วันที่ 1 มิถุนายน  พ.ศ.2521  โดยเป็นสาขาของโรงเรียนบ้านหว้าน  และใช้อาคารชั่วคราวที่ชาวบ้านได้ร่วมกันก่อสร้างขึ้น  บนที่ดินสาธารณะของหมู่บ้านเป็นที่ทำการเรียนรู้  โดยในปีแรกมีครูมาทำการสอน  2 คน คือ นายสมาน วรรณทอง และนายกิตติพงษ์  ปัญเศษ  จัดการเรียนรู้ตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 – 4  มีนักเรียนจำนวน 24  คน 

              ในปีงบประมาณ  2524  โรงเรียนได้รับงบประมาณก่อสร้างอาคารเรียนถาวรเป็นหลังแรกโดยเป็นแบบ  สปช  102 / 26  งบประมาณ  500,00  บาท

              ในปีการศึกษา  2524  ทางราชการได้ประกาศให้โรงเรียนแห่งนี้แยกตัวเป็นเอกเทศ  โดยมี               นายเริ่ม  เหลาสิทธิ์ รักษาการในตำแหน่งครูใหญ่ จัดการเรียนรู้ตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1–5 มีนักเรียน  93 คน และจัดการศึกษาถึงระดับชั้นประถมศึกษาปีที่  6  ในปีการศึกษาต่อมาจนถึงปัจจุบัน

              ในวันที่  17  มกราคม  2527  ทางราชการได้แต่งตั้งให้ นายเสน่ห์  ถาบุตร  ผู้ช่วยครูใหญ่โรงเรียนบ้านหว้าน  มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่ที่โรงเรียนนี้  และได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่ ในเวลาต่อมา  จนถึงเดือนพฤศจิกายน 2541 สำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดสกลนคร  ได้มีคำสั่งแต่งตั้งให้นายเสน่ห์  ถาบุตร  ไปดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่โรเรียนชุมชนห้วยหลัว

              วันที่  21  พฤษภาคม  2542  สำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดสกลนคร ได้มีคำสั่งแต่งตั้งให้นายจเร  เมืองบาล  ตำแหน่งอาจารย์  2 โรงเรียนบ้านโมน (เกาะแก้ววิทยา)  สำนักงานการประถมศึกษาอำเภอสว่างแดนดิน  จังหวัดสกลนคร  สำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดสกลนคร  มาดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่

              วันที่  29  ตุลาคม  2544  สำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดสกลนคร  ได้มีคำสั่งให้ย้ายและแต่งตั้ง นายจเร  เมืองบาล ไปดำรงตำแหน่งอาจารย์โรงเรียนบ้านหนองไผ่สำนักงานการประถมศึกษา อำเภอสว่างแดนดิน

                 วันที่  8  เมษายน  2545  สำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดสกลนคร แต่งตั้งให้                          นายอนุสิทธิ์  นามโยธา  ครูใหญ่โรงเรียนบ้านโคกหนองกุง  สำนักงานการประถมศึกษาอำเภอ
สว่างแดนดิน  มาดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่

              วันที่  17  สิงหาคม  2547   สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาสกลนคร  เขต 3  ได้มี แต่งตั้งให้  นายไมตรี  วรรณทอง  อาจารย์  2  ระดับ  7 โรงเรียนบ้านสะพานสาม  อ.ภูพาน  จ.สกลนครสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาสกลนคร  เขต  1  มาดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่

              วันที่  24  ธันวาคม  2547  สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาสกลนคร  เขต 3  ได้มีคำสั่ง  แต่งตั้งให้  นายไมตรี  วรรณทอง  ดำรงตำแหน่งเป็น  ผู้อำนวยการสถานศึกษา  โรงเรียนบ้านคำภูทอง

              ปีการศึกษา   2548   ผ่านการประเมินจากสำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษาภายนอก รอบแรก

              ปีการศึกษา  2553  วันที่  27  กันยายน  2553  ได้ผ่านการประเมินจากสำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษาภายนอก รอบ 3

              วันที่  11  เมษายน  2554  สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสกลนคร  เขต 3ได้แต่งตั้งให้ นายเหรียญชัย ภูริษี ให้มาปฏิบัติหน้าที่ราชการ  ตำแหน่งผู้อำนวยโรงเรียนบ้านคำภูทอง

               เดือนมกราคม 2555  ถึงวันที่  12 กันยายน  2557   สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสกลนคร เขต 3 ได้แต่งตั้ง  นายมานิตย์  วงศ์ละคร  มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านคำภูทอง

               วันที่ 26  พฤษภาคม  2558  ได้รับการรับรองมาตรฐานการศึกษารอบสาม จากสำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษา (องค์กรมหาชน)

               วันที่  2  มิถุนายน  2558  สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสกลนคร เขต 3 ได้แต่งตั้ง นางอัญชลี  เหลาสิทธิ์  รองผู้อำนวยการโรงเรียนอนุบาลบ้านม่วง   มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน 

               วันที่ 24  พฤศจิกายน   2558  ได้รับการรับรองมาตรฐานการศึกษารอบสาม จากสำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษา (องค์กรมหาชน) ในระดับประถมศึกษา

              วันที่ 20 เมษายน 2561 สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสกลนคร เขต 3 ได้แต่งตั้ง นายเริ่ม เหลาสิทธิ์ ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านหว้านสหวิทยา มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน

                        วันที่ 1 ตุลาคม 2562  ศึกษาธิการจังหวัดสกลนคร ได้แต่งตั้ง นายพีระพงษ์ อินทรสันติ์   ตำแหน่ง ครู วิทยฐานะ ครูชำนาญการพิเศษ รักษาการในตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านคำภูทอง

                        วันที่ 10 กุมภาพันธ์ 2565 ศึกษาธิการจังหวัดสกลนคร ได้แต่งตั้ง นางวรัชฉรา แก้วกันหา ตำแหน่ง ครู วิทยฐานะ ครูชำนาญการพิเศษ  รักษาการในตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านคำภูทอง

                  วันที่ 27 พฤศจิกายน 2567 สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสกลนคร
เขต 3 ได้แต่งตั้ง นายอิทธิชัย ประธาน ผู้อำนวยโรงเรียนบ้านหว้านสหวิทยา มารักษาการในตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านคำภูทอง