โรงเรียนบ้านหนองแสงตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 10 สิงหาคม พ.ศ. 2499 ก่อตั้งขึ้นด้วยเงินงบประมาณของรัฐบาลโดยเป็นสาขาของโรงเรียนทุ่งมนสมานมิตร ใช้ศาลาวัดเป็นที่ทำการเรียนการสอนมีนักเรียนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 4 จำนวน 46 คน
วันที่ 13 สิงหาคม พ.ศ. 2500 ได้แยกออกเป็นอิสระโดยก่อสร้างอาคารเรียนชั่วคราวบนที่ดินที่ชาวบ้านสงวน ในหมู่บ้านหนองแสง ตำบลทุ่งแก อำเภอเจริญศิลป์ จังหวัดสกลนครจากนั้นได้รับงบประมาณจากทางราชการจัดสร้างอาคารเรียนถาวรขึ้น แบบ สน.002 ซึ่งเป็นอาคารเรียนถาวรหลังแรก จากนั้นก็ได้รับการจัดสรรงบประมาณเพิ่มเติมเรื่อยมา