โรงเรียนบ้านนากุดสิม ก่อตั้งขึ้นครั้งแรกเมื่อวันที่ 16 เดือนสิงหาคม พ.ศ.2478 โดยอาศัยศาลาการเปรียบวัดบ้านนากุดสิมเป็นสถานที่เรียน ผู้เริ่มก่อตั้งคือนายชิต ฉ่ำศาสตร์ นายอำเภอกุฉินารายณ์ นายจันทร์ สิงพงษ์ กรรมการ นายบัวลา แสงฤิทธิ์ เป็นสารวัตรศึกษา มีนายกลม สุกโพน (กระจ่าง) เป็นครูใหญ่คนแรก
เมื่อวันที่ 1 พฤษภาคม 2505 ได้รับงบประมาณสร้างอาคารเรียนหลังใหม่ และได้ย้ายจากวัดบ้านนากุดสิมไปอยู่อาคารเอกเทศ ซึ่งสร้างด้วยความร่วมมือของครูภายในกลุ่มโรงเรียนและชาวบ้านนากุดสิมจนถึงปัจจุบัน
ปีงบประมาณ 2517 ได้รับงบประมาณสร้างอาคารเรียน แแบ ป.1ฉ ใต้ถุนสูง 0.9 เมตร จำนวน 4 ห้อง งบประมาณ 175,000 บาท และในปีเดียวกันได้รับอนุญาตให้เปิดทำการสอนระดับประถมศึกษาตอนปลาย (ชั้นประถมศึกษาปีที่ 5, 6, 7)
ปีงบประมาณ 2521 ได้รับงบประมาณสร้างบ้านพักครู จำนวน 1 หลัง งบประมาณ 54,000 บาท
ปีงบประมาณ 2522 ได้รับงบประมาณสร้างอาคารเรียน แบบ ป.1ฉ ใต้ถุนสูง 3 เมตร จำนวน 6 ห้องเรียน งบประมาณ 363,000 บาท
ปีงบประมาณ 2523 ได้รับงบประมาณสร้างส้วม จำนวน 1 หลัง งบประมาณ 32,000 บาท สร้างถังเก็บน้ำฝน แบบ ฝ 33 จำนวน 3 ถัง งบประมาณ 15,000 บาท
ปีงบประมาณ 2526 ได้รับงบประมาณขุดบ่อเลี้ยงปลาจากกรมประมง งบประมาณ 38,000 บาท
ปีงบประมาณ 2538 ได้รับงบประมาณสร้างอาคารเรียน แบบ สปช.105/29 จำนวน 1 หลัง 4 ห้องเรียน งบประมาณ 1,680,00 บาท
ปีงบประมาณ 2544 ได้รับงบประมาณจากกรมพลศึกษาสร้างลานกีฬาในโรงเรียน งบประมาณ 72,000 บาท
ปีงบประมาณ 2545 ได้รับงบประมาณสร้างส้วม สปช.606/26 จำนวน 1 หลัง งบประมาณ 45,450 บาท
ปีงบประมาณ 2556 ได้รับงบประมาณปรบัญติ ปรับปรุงซ่อมแซมถนน รอบบริเวณโรงเรียน งบประมาณ 500,000 บาท และ 140,000 บาท