โรงเรียนบ้านหนองขอนแก่น ตั้งขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2500 โดยอาศัยศาลาวัดเป็นสถานที่ชั่วคราวมีนายตัน  ภูมิสาขา ดำรงตำแหน่งครูใหญ่

          ปี พ.ศ. 2511 นายกาญจน์  สุยังกุล มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่ และทางราชการได้ให้งบประมาณมาสมทบก่อสร้างอาคารเรียนชั่วคราวแบบมัธยมสามัญ 2 ห้องเรียน เป็นเงิน 30,000 บาท ซึ่งสร้างอยู่ทางทิศตะวันตกของหมู่บ้านหนองขอนแก่น

          วันเสาร์ที่ 3 ตุลาคม พ.ศ. 2524 ได้เกิดเพลิงไหม้อาคารเรียนพร้อมทั้งวัสดุครุภัณฑ์ ตลอดจนเอกสารต่างๆ เสียหายหมด ทางราชการจึงให้ย้ายมาเรียนที่ศาลาวัดเป็นการชั่วคราว ตั้งแต่วันที่ 5 ตุลาคม พ.ศ. 2524

          วันที่ 9 กรกฎาคม พ.ศ. 2525 ทางราชการได้อนุมัติสร้างอาคารเรียนแบบ สปช. 101 / 26 ขนาด 4 ห้องเรียน ราคา 609,000 บาท โดยก่อสร้างในที่ซึ่งเป็นที่ตั้งโรงเรียนในปัจจุบัน

          วันที่ 22 กันยายน พ.ศ. 2525 ทางราชการได้แต่งตั้งนายธวัชชัย  ชูช้าง มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่แทน    นายสัมฤทธิ์  ภูแสนใบ

          เมื่อเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2536 ทางราชการได้แต่งตั้งนายมนู  ผันผ่อน มาดำรงตำแหน่งแทนนายธวัชชัย  ชูช้าง ที่ย้ายไปโรงเรียนอุปรีศรีวิทยา สำนักงานการประถมศึกษาอำเภอห้วยผึ้ง

          วันที่ 1 เมษายน พ.ศ. 2538 ทางราชการได้แต่งตั้งให้นายสิทธิพร  ไกยเดช มาดำรงตำแหน่งแทน นายมนู ผันผ่อน ซึ่งย้ายไปโรงเรียนดงสวางวรวิทย์ สำนักงานการประถมศึกษาอำเภอนามน

          วันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2538 สำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดกาฬสินธุ์  ได้มีคำสั่งให้ นายสมพร ไชยดี มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่แทนนายสิทธิพร  ไกยเดช ซึ่งย้ายไปดำรงตำแหน่งที่โรงเรียนอุปรีศรีวิทยา สำนักงานการประถมศึกษาอำเภอห้วยผึ้ง

          วันที่ 3 ตุลาคม พ.ศ. 2540  สำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดกาฬสินธุ์ได้มีคำสั่งให้ นายประมวล ดลสะอาด มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่แทนนายสมพร  ไชยดี ซึ่งย้ายไปดำรงตำแหน่งครูใหญ่ที่โรงเรียนภูปอวิทยา  สำนักงานการประถมศึกษาอำเภอเมืองกาฬสินธุ์

          วันที่ 30 กันยายน พ.ศ. 2541 นายประมวล ดลสะอาด  ได้ย้ายไปดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่ที่โรงเรียนสิงห์สะอาด  สำนักงานการประถมศึกษาอำเภอสหัสขันธ์

          วันที่ 29 มีนาคม   พ.ศ. 2542 สำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดกาฬสินธุ์ ได้มีคำสั่ง  แต่งตั้งให้ นายเพชรดำ ธนูศรี  และระหว่างวันที่  4  มิถุนายน 2544 ถึง วันที่ 31 มีนาคม 2546 นายเพชรดำ ธนูศรี ได้ลาศึกษาต่อระดับปริญญาโท ภาคปกติ ที่มหาวิทยาลัยขอนแก่น โดยได้ มอบหมายให้นายชรินทร์  ศรีบุญรัตน์  รักษาการในตำแหน่งครูใหญ่

         วันที่  1  เมษายน  2546  นายเพชรดำ  ธนูศรี  ขอกลับเข้าปฏิบัติราชการในตำแหน่งเดิมจนถึงวันที่ 19 ตุลาคม  พ.ศ. 2547  นายเพชรดำ  ธนูศรี  ย้ายไปดำรงตำแหน่งครูใหญ่โรงเรียนบ้านปลาขาว สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษากาฬสินธุ์เขต 3  นายชรินทร์  ศรีบุญรัตน์ รักษาการในตำแหน่ง

         วันที่  20  มิถุนายน   พ.ศ. 2548  สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษากาฬสินธุ์ เขต 3  ได้มีคำสั่งแต่งตั้ง  นายบรรลุ  นนทะมาตย์  ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านหนองขอนแก่น จนถึงวันที่ 14 กรกฎาคม 2549  สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษากาฬสินธุ์ เขต 3  มีคำสั่งให้ย้ายไปดำรงตำแหน่งที่โรงเรียนบ้านหนองบัวทองวิทยาเสริม

          วันที่ 14 กรกฎาคม 2549   สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษากาฬสินธุ์ เขต 3  ได้มีคำสั่งแต่งตั้ง นายนิคม  แก้วพินิจ  ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการสถานศึกษาโรงเรียนบ้านหนองขอนแก่นจนถึงวันที่ 15 ตุลาคม  2551  สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษากาฬสินธุ์ เขต 3  มีคำสั่งให้ย้ายไปดำรงตำแหน่งที่โรงเรียนดงสวางวรวิทย์  และแต่งตั้งนายประธาน  โพธิ์แท่น  มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านหนองขอนแก่นแทนตั้งแต่วันที่ 15 ตุลาคม 2551 จนถึง วันที่ 24 พฤศจิกายน 2553  

          วันที่ 25 พฤศจิกายน 2553  นายณรงค์  กุลเกลี้ยง ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านหนองขอนแก่น  จนถึงวันที่ 8 ธันวาคม 2557  ได้รับคำสั่งย้ายไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนอุปรีศรีวิทยา

          วันที่ 8 ธันวาคม 2557  นายไฉน  ทมานนท์  ย้ายมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านหนองขอนแก่น  จนถึงปัจจุบัน

          วันที่ 29 ตุลาคม 2558  เปลี่ยนกระเบื้องมุงหลังคาอาคารเรียนแบบ สปช.101/26  งบประมาณจาก สพฐ.  จำนวน  100,000  บาท  แล้วเสร็จเมื่อวันที่  9  พฤศจิกายน  2558