โรงเรียนกู่สันตรัตน์ แต่เดิมเรียนร่วมกับโรงเรียนบ้านสระบัว  ตำบลนาดูน อำเภอวาปีปทุม จังหวัดมหาสารคาม ตั้งแต่วันที่ ๑ สิงหาคม ๒๔๖๘ เป็นต้นมา จนกระทั้งปี ๒๕๐๑ ได้แยกโรงเรียนมาเรียนที่ศาลาวัดบ้านกู่ และเปิดทำการสอนในระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ - ๔ โดยตั้งชื่อโรงเรียนว่า โรงเรียนวัดบ้านกู่ ซึ่งขณะ นั้นมีนักเรียนทั้งหมด ๑๐๗ คน ครู ๒ คน คือ นายสอ ศิริพรทุม (ครูใหญ่) และนายวิชัย ปุริโสตะโย (ครูผู้สอน)

            ต่อมาเห็นว่า สภาพศาลาวัดบ้านกู่ชำรุดทรุดโทรมมาก จึงย้ายมาทำการสอนที่ศาลาวัดบ้านหนองทุ่ม และจัดหาที่ดินเพื่อสร้างอาคารชั่วคราวหลังใหม่ บนเนื้อที่ ๑๕ ไร่ จากนั้นจึงได้ย้ายมาเรียนที่โรงเรียนหลังใหม่นี้ เมื่อวันที่ ๒๔ กรกฎาคม ๒๕๐๔ และเปลี่ยนชื่อโรงเรียนใหม่เป็น โรงเรียนบ้านกู่โนนเมือง

            ปีการศึกษา ๒๕๒๔ เปลี่ยนชื่อใหม่เป็น โรงเรียนชุมชนบ้านกู่โนนเมือง ตามโครงการโรงเรียนชุมชน

            ในปีการศึกษา ๒๕๓๙ โรงเรียนได้รับอนุมัติให้เข้าร่วมโครงการขยายโอกาสทางการศึกษา จึงได้เปิด รับนักเรียนชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๑ พร้อมกับเข้าร่วมโครงการปฏิรูปการศึกษาในปีเดียวกันนี้

            ต่อมาในปีการศึกษา ๒๕๔๑ โรงเรียนได้ถูกกำหนดให้เป็นโรงเรียนศูนย์ปฏิรูปการศึกษาของอำเภอนาดูน และเป็นปีแรกที่โรงเรียนได้เปิดทำการสอนครบทุกชั้นใน ๓ ระดับ คือ อนุบาล ๑ ถึง มัธยมศึกษาปีที่ ๓

            ปีการศึกษา ๒๕๔๓ ได้รับการคัดเลือกให้เป็นโรงเรียนนำร่องการจัดการศึกษาภาคบังคับ ๙ ปี สังกัดสำนักงานการประถมศึกษาอำเภอนาดูน

            ปีการศึกษา ๒๕๔๕ ได้รับเลือกให้เป็นโรงเรียนเครือข่ายการใช้หลักสูตรสถานศึกษาขั้นพื้นฐาน พ.ศ. ๒๕๔๔ โดยเริ่มสอนในชั้น ป.๑, ป.๔ และ ม.๑

            ต่อมาในปีการศึกษา ๒๕๔๖ ได้เปลี่ยนชื่อโรงเรียนใหม่อีกครั้งเป็นโรงเรียนกู่สันตรัตน์จนถึงปัจจุบัน