โรงเรียนบ้านนาเพ็ญ ก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ ๑๒ ตุลาคม พ.ศ.๒๕๐๑ โดยมีนายเต็น สุวรรณโพธิ์ศรี    นายอำเภอกุมภวาปี ขณะนั้น นายศิลป์ ศิริสุวรรณ ดำรงตำแหน่งครูใหญ่ นายสำเรียง พรมภักดี เป็นครูผู้สอน โดยใช้ศาลาวัดศรีธาตุบ้านนาเพ็ญเป็นสถานที่เรียน มีนักเรียน ๘๓ คน ต่อมา พ.ศ. ๒๕๑๒ นายประพิศ  ศรีทาพุฒ ครูใหญ่ในขณะนั้น ได้ร่วมมือกับคณะกรรมการศึกษา กรรมการหมู่บ้าน และชาวบ้านได้จัดหาที่ดินพร้อมทั้งวัสดุอุปกรณ์จัดสร้างโรงเรียนขึ้นมาใหม่ให้เป็นเอกเทศได้รับงบประมาณสนับสนุนจากทางราชการ จำนวน๑๒๐,๐๐๐ บาท สร้างอาคารเรียนแบบ ป.๑ ช พิเศษ จำนวน ๑ หลัง บนเนื้อที่ ๙ ไร่ ๒ งาน ๔๔ ตารางวา

• พ.ศ. ๒๕๒๑ ทางราชการได้จัดสรรงบประมาณจากทางราชการ จำนวน ๑๘๐,๐๐๐ บาท  เพื่อสร้างอาคารเรียนแบบ ป.๑ ช ขนาด ๘.๕๐ +๑๘ เมตร ๒ ชั้น ๔ ห้องเรียน เพื่อรองรับนักเรียนที่เพิ่มขึ้นจากการเปิดการเรียนการสอนตามหลักสูตรประถมศึกษา พ.ศ. ๒๕๒๑ (ขยายชั้น ป. ๕ – ป. ๖)

• พ.ศ. ๒๕๒๒ ทางราชการได้จัดสรรงบประมาณจากทางราชการให้ ๙๐,๐๐๐ บาท เพื่อสร้างบ้านพักครูแบบองค์การบริหารส่วนจังหวัด จำนวน ๑ หลัง ขนาด ๓ + ๙ เมตร

• พ.ศ. ๒๕๒๓  ได้รับงบประมาณจากทางราชการ จำนวน ๑๔๐,๐๐๐ บาท เพื่อสร้างโรงฝึกงานแบบกรมสามัญศึกษาขนาด ๗ + ๑๗.๕๐ เมตร จำนวน ๑ หลัง

• พ.ศ. ๒๕๒๖ คณะครูกับชาวบ้านร่วมกันบริจาคสร้างหอพระพุทธรูป โดยใช้งบประมาณ  ๒๐,๐๐๐ บาท

• พ.ศ. ๒๕๓๒ นายพนมยงค์  ทาสะโก พร้อมคณะญาติ ได้ร่วมบริจาคสร้างศาลาพักร้อนมอบให้โรงเรียน จำนวน ๑ หลัง โดยใช้งบประมาณ จำนวน ๒๐,๐๐๐ บาท

• พ.ศ. ๒๕๓๔ คณะครู คณะกรรมการศึกษา และชาวบ้านร่วมกันบริจาคสร้างศาลาเพ็ญสัมพันธ์ จำนวน ๑ หลัง โดยใช้งบประมาณ ๓๐,๐๐๐ บาท

• พ.ศ. ๒๕๓๕ คณะครู คณะกรรมการศึกษา และชาวบ้านร่วมกันบริจาคสร้างสนามกีฬาคอนกรีตเสริมไม้ไผ่ จำนวน ๒ สนาม โดยใช้งบประมาณ ๔๕,๐๐๐ บาท

• พ.ศ. ๒๕๔๑ คณะครูได้ร่วมกันบริจาคสร้างเวทีกิจกรรมประชาธิปไตย โดยใช้งบประมาณ   ๑๐,๐๐๐ บาท

• พ.ศ. ๒๕๔๓ คณะครู คณะกรรมการสถานศึกษา กรรมการหมู่บ้าน และชาวบ้านได้ร่วมกันบริจาคเงินเพื่อสร้างโรงอาหาร ขนาด ๗ + ๑๕  เมตร จำนวน ๑ หลังโดยใช้งบประมาณทั้งสิ้น  ๗๕,๐๐๐  บาท

• พ.ศ. ๒๕๔๔ คณะครูได้ร่วมกันบริจาคเงินสร้างฐานเสาธง ที่แปรงฟันและศาลาไอโอดิน ใช้งบประมาณทั้งสิ้น ๒๕,๐๐๐ บาท

• พ.ศ. ๒๕๔๕ คณะครู คณะกรรมการสถานศึกษา และคณะกรรมการหมู่บ้าน ร่วมกันจัดหา        งบประมาณสร้างรั้วคอนกรีต ได้ดำเนินการสร้างไปแล้ว ๒ ด้าน ใช้งบประมาณ ๒๐๐,๐๐๐ บาท  เหลือลูกกรงเหล็ก

• พ.ศ. ๒๕๔๗ คณะครู คณะกรรมการสถานศึกษา และคณะกรรมการหมู่บ้านร่วมกันจัดผ้าป่าการศึกษา เพื่อซื้อเครื่องคอมพิวเตอร์และสร้างรั้วคอนกรีตโรงเรียนเพิ่มเติม ใช้งบประมาณ  ๒๐๐,๐๐๐ บาท

• พ.ศ. ๒๕๔๘ คณะครู ผู้ปกครองนักเรียนชั้นอนุบาล และชาวบ้านร่วมกันบริจาคเงินสร้างห้องน้ำและปูพื้นกระเบื้องห้องเรียนชั้นอนุบาล ใช้งบประมาณ ๓๐.๐๐๐ บาท

• พ.ศ. ๒๕๔๙ คณะครู คณะกรรมการสถานศึกษาขั้นพื้นฐาน และคณะกรรมการหมู่บ้าน ร่วมกันจัดหางบประมาณ สร้างรั้วคอนกรีตด้านทิศตะวันตกเพิ่มเติม โดยใช้งบประมาณ ๓๐,๐๐๐ บาท

• พ.ศ. ๒๕๕๐  คณะครู คณะกรรมการสถานศึกษาขั้นพื้นฐาน และคณะกรรมการหมู่บ้าน ร่วมกันจัดหางบประมาณปรับปรุงห้องส้วม  ๑ หลัง  ๔ ห้อง ใช้งบประมาณ ๓๕,๐๐๐ บาท

• พ.ศ. ๒๕๕๐  คณะครู คณะกรรมการสถานศึกษาขั้นพื้นฐาน และคณะกรรมการหมู่บ้าน ร่วมกันจัดหางบประมาณจากกิจกรรมวันสำคัญซื้อเครื่องขยายเสียงและคอมพิวเตอร์  ใช้งบประมาณ ๓๕,๐๐๐ บาท

• พ.ศ. ๒๕๕๑  คณะครู คณะกรรมการสถานศึกษาขั้นพื้นฐาน และคณะกรรมการหมู่บ้าน ร่วมกันทำบุญผ้าป่าทอดเสื่อ และจัดหางบประมาณจากกิจกรรมวันแม่แห่งชาติ ได้เสื่อจำนวน ๑๐๐  ผืน      เย็บเป็นเสื่อยาวต่อกัน  ใช้งบประมาณ ๔,๐๐๐ บาท

• พ.ศ. ๒๕๕๒  คณะครู กรรมการสถานศึกษาขั้นพื้นฐาน และคณะกรรมการหมู่บ้าน ร่วมกันจัดหางบประมาณจากกิจกรรม ผ้าป่าเพื่อการศึกษา เพื่อปรับปรุงอาคารเรียน พิศานุสรณ์ ได้งบประมาณ ๓๕๐,๐๐๐ บาท ได้ทำการยกอาคารเรียนสูงเป็น ๒  ชั้น  ข้างล่างทำเป็นห้องคอมพิวเตอร์และห้องโล่งจัดเป็นลานอเนกประสงค์  ปูกระเบื้อง

• พ.ศ. ๒๕๕๒  นายชาตินิยม  สรพิมพ์ และญาติได้มอบศาลาพักร้อนจำนวน ๑ หลัง มูลค่า ๑๙,๐๐๐ บาท

• พ.ศ. ๒๕๕๓ คณะครู ร่วมกันบริจาคทำรั้วเหล็กดัดโรงเรียนบ้านนาเพ็ญทิศตะวันตกด้วยงบประมาณ ๓๐,๒๒๕ บาท และทำประตูเหล็กจากเงินบริจาคของชาวบ้านทำบุญอุทิศส่วนกุศลหาญาติที่เสียชีวิตใช้งบประมาณ ๕,๐๐๐ บาท

• พ.ศ. ๒๕๕๓ โรงเรียนได้รับงบประมาณไทยเข้มแข็ง ได้แก่งบประมาณปรับปรุงบ้านพักครู ๑๐๐,๐๐๐ บาท ได้รับงบประมาณปรับปรุง ห้องสมุด ๒๒,๕๐๐ บาท งบห้องคอมพิวเตอร์ CC๒ จำนวน ๑๗๓,๓๐๐ บาท และงบแปรญัตติทำถนนคอนกรีตในโรงเรียนพื้นที่  ๘๑๐ ตารางเมตร งบประมาณ จำนวน ๔๐๔,๕๐๐ บาท

• พ.ศ. ๒๕๕๕ คณะครู คณะกรรมการสถานศึกษาขั้นพื้นฐาน และคณะกรรมการหมู่บ้าน ร่วมกันจัดหางบประมาณซ่อมแซมโรงอาหารเป็นจำนวนเงิน  ๓๘,๕๖๕  บาท

• พ.ศ. ๒๕๕๕ คณะครู ได้รับบริจาคเงิน และได้จัดทำซุ้มดอกไม้หน้าอาคารพิศานุสรณ์ เป็นจำนวนเงิน  ๙,๐๐๐  บาท

• พ.ศ. ๒๕๕๕ คณะครู คณะกรรมการสถานศึกษาขั้นพื้นฐาน และคณะกรรมการหมู่บ้าน ร่วมกันจัดหางบประมาณสร้างทางเท้าหน้าอาคารพิศานุสรณ์ เป็นจำนวนเงิน  ๕,๒๐๐  บาท

• ปัจจุบันโรงเรียนบ้านนาเพ็ญเป็นโรงเรียนวิถีพุทธ ได้จัดการเรียนการสอนตั้งแต่ระดับก่อนประถมศึกษา ชั้นอนุบาลปีที่ ๑ ถึง ประถมศึกษาปีที่ ๖ มีนักเรียนทั้งสิ้นจำนวน ๘๘ คน    ข้าราชการครู ๖  คน พนักงานราชการ ๒ คน    ลูกจ้างประจำ ๑ คน  ลูกจ้งชั่วคราว ๑ คน