โรงเรียนบ้านหนองแปน ตั้งเมื่อ พ.ศ.๒๔๗๕ และได้ล้มเลิกไปเนื่องจากขาดงบประมาณ ทางราชการได้จัดตั้งและฟื้นฟูขึ้นมาใหม่ เมื่อวันที่ ๑๖ เมษายน พ.ศ.๒๔๗๖ โดยอาศัยศาลาการเปรียญ        วัดปทุมวัน บ้านหนองแปน ดำรงอยู่ได้ด้วยเงินงบประมาณประถมศึกษา  จัดการเรียนการสอน ตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ – ๔  มี นายปิ่น  พงสวัสดิ์  เป็นครูใหญ่คนแรก

พ.ศ.๒๔๘๖  ได้จัดตั้งเป็นโรงเรียนเอกเทศ

พ.ศ.๒๕๐๓ เปิดเป็นโรงเรียนมัธยมสามัญ จัดการเรียนการสอนชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๑ – ๓

พ.ศ.๒๕๐๕ เปลี่ยนเป็นชั้นประถมศึกษาปีที่ ๕ – ๗

พ.ศ.๒๕๐๖ จัดการเรียนการสอนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ -๗

พ.ศ.๒๕๒๑ จัดการเรียนการสอนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ -๖

พ.ศ.๒๕๓๔ สปช. อนุมัติให้จัดการเรียนการสอนเป็น ๓ ระดับ คือ ระดับก่อนประถมศึกษา ประถมศึกษา และมัธยมศึกษาตอนต้น  จนถึงปัจจุบัน  มีนายปริญญา ศุภฤกษ์ชัยศร ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน