โรงเรียนบ้านซำภูทอง ตั้งขึ้นเมื่อเดือนมิถุนายน พ.ศ.2518 โดยมีนายเล็ก ราชมณี นายอำเภอ ชุมแพเป็นผู้จัดตั้ง นายสุเวช เหนือศรี รักษาการในตำแหน่งครูใหญ่ เปิดสอนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 4 มีนักเรียนทั้งหมด 75 คน อาคารเรียนเป็นอาคารชั่วคราวมุงด้วยหญ้าแฝก
เมื่อวันที่ 1 พฤษภาคม 2519 ได้ย้ายอาคารเรียนชั่วคราวมาอยู่ในที่ดินของโรงเรียน ซึ่งชาวบ้านและคณะครูได้เสียสละทรัพย์สินซื้อที่ดินให้แก่โรงเรียน จำนวน 8 ไร่ ราคา 3,000 บาท
ในปี พ.ศ.2521 อาคารเรียนได้ถูกวาตภัยเสียหาย ทางราชการจึงให้งบประมาณพิเศษ สร้างอาคารเรียนถาวร 1 หลัง 3 ห้องเรียน และได้งบประมาณสร้างบ้านพักครู 1 หลัง แบบ 2 ห้องนอน 1 ห้องครัว 1 ห้องน้ำ
ในปี พ.ศ.2525 ได้รับงบประมาณสร้างส้วม จำนวน 1 หลัง แบบองค์การ จำนวน 3 ที่
ในปี พ.ศ.2526 ได้รับงบประมาณต่อเติมอาคารเรียนชั้นล่างเป็นเงินจำนวน 104,500 บาท
ในปี พ.ศ.2529 ได้รับงบประมาณสร้างอาคารเรียนอเนกประสงค์ 1 หลัง แบบ สปช.202/26
เป็นเงิน 200,000 บาท
ในปี พ.ศ.2532 ได้รับงบประมาณสร้างส้วม จำนวน 1 หลัง แบบ สปช.601/26 จำนวน 4 ที่
เป็นเงิน 40,000 บาท
ในปี พ.ศ.2560 ได้รับงบประมาณสร้างส้วม จำนวน 1 หลัง แบบ สปช.603/29 จำนวน 4 ที่
เป็นเงิน 275,100 บาท
ในปี พ.ศ.2564 ได้รับงบประมาณสร้างบ้านพักครู จำนวน 1 หลัง แบบ สปช.301/26 เป็นเงิน 630,000 บาท
ปัจจุบันโรงเรียนบ้านซำภูทองมี นายวรานันท์ เหลาทอง เป็นผู้อำนวยการโรงเรียนมีข้าราชการครู
5 คน พนักงานราชการ 1 คน และครูช่วยสอน 1 คน รวมครูและบุคลากรทั้งสิ้น 8 คน เปิดทำการสอนในระดับชั้นอนุบาล 2 ถึงระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 มีนักเรียนทั้งหมด 95 คน