โรงเรียนนาแกวิทยา ได้รับอนุมัติจากกรมสามัญศึกษา ให้เปิดเป็นสาขาโรงเรียนนาวังศึกษาวิช
เมื่อปี พ.ศ. 2536 โดยมี นายธวัช มูลเมือง (ผู้ช่วยผู้อำนวยการโรงเรียนนาวังศึกษาวิช) เป็นผู้ประสานงานสาขาโรงเรียน และมีคณะผู้นำในการดำเนินการเพื่อขอจัดตั้งโรงเรียน คือ
                      1.  นายเงิน  ชีวปรีชา                 (ผู้อำนวยการโรงเรียนนาวังศึกษาวิช)
                      2.  นายสมชาย  ชินศรี                (กำนันตำบลนาแก)
                      3.  นายทองลา  ศรีทอง              (อาจารย์ใหญ่โรงเรียนบ้านหนองค้อ)
                      4.  นายทิพ  กองสุ                      (ผู้ใหญ่บ้านหนองค้อ  หมู่ 3)
                      5.  นางหนูพงษ์  คงแสนดำ         (ผู้ใหญ่บ้านหนองสิม  หมู่ 1)
                    ปีการศึกษา 2536 โรงเรียนรับนักเรียนรุ่นที่ 1 ได้ 2 ห้องเรียน (86 คน) สิ่งก่อสร้างมีอาคารเรียน
ชั่วคราว 1 หลัง 4 ห้องเรียน ห้องน้ำห้องส้วม 1 หลัง 6 ที่
                    พ.ศ. 2537 ได้รับงบประมาณสนับสนุน จาก ส.ส.กิติศักดิ์ หัตถสงเคราะห์ จำนวน 160,000 บาท
เพื่อสร้างอาคารเรียนชั่วคราว 1 หลัง 4 ห้องเรียน บ่อบาดาล 1 บ่อ จากกรมอนามัย
                    พ.ศ. 2538 ได้รับอนุมัติจากกระทรวงศึกษาธิการให้จัดตั้งเป็นโรงเรียนรัฐบาล โดยให้ชื่อว่า โรงเรียนนาแกวิทยา ตามหนังสือกระทรวงศึกษาธิการ ให้จัดตั้งโรงเรียนรัฐบาล ลงวันที่ 14 มีนาคม 2538 โดยมีนายธวัช มูลเมือง เป็นครูใหญ่โรงเรียนนาแกวิทยา
                    ปีการศึกษา 2540 กรมสามัญศึกษาได้แต่งตั้งให้ นายธวัช มูลเมือง เป็นอาจารย์ใหญ่
โรงเรียนนาแกวิทยา
                    ปีการศึกษา 2543 กรมสามัญศึกษาได้แต่งตั้งให้ นายธวัช มูลเมือง เป็นผู้อำนวยการ
โรงเรียนนาแกวิทยา
                    ปีการศึกษา 2545 กรมสามัญศึกษาได้แต่งตั้งให้ นายชูชีพ ชำนาญเอื้อ เป็นผู้อำนวยการ
โรงเรียนนาแกวิทยา
                    ปีการศึกษา 2549 สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาหนองบัวลำภู เขต 2 แต่งตั้งให้นายเล็ก ขมิ้นเขียว  เป็นผู้อำนวยการโรงเรียนนาแกวิทยา
                    ปีการศึกษา 2550 สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาหนองบัวลำภู เขต 2 ได้แต่งตั้งให้ นายจำเนียร มัตกิต ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านโคกกะทอ เป็นผู้อำนวยการโรงเรียนนาแกวิทยา จนถึงปัจจุบัน