เดิมชื่อโรงเรียนบ้านซำขอนแก่น ตั้งขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2518   โดยจัดตั้งเป็นโรงเรียนชั่วคราว    สาขาของโรงเรียนบ้านหนองด้วง   เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่   1-4 นายโพธิ์ชนะ  ไหลริน   รักษาการในตำแหน่งครูใหญ่ มีครูจำนวน  1  คน  นักเรียนจำนวน 43 คน  ทำพิธีเปิดเป็นทางการโดย มี นายเรืองชัย   ขามรัตน์  หัวหน้าหมวดการศึกษา  อำเภอนากลาง    มาทำพิธีเปิด ในวันที่ 4 พฤษภาคม    2519    โรงเรียนตั้งอยู่บนพื้นที่ป่าสงวนแห่งชาติ   (ป่าหนองเรือ)   มีนายหนูเจียม แสนคม และชาวบ้านซำขอนแก่น   โดยนายทองนิล  ได้ยกส่วนหนึ่งของพื้นที่ที่จับจองไว้ เป็นพื้นที่จำนวน  30 ไร่  มอบให้โรงเรียน  ปัจจุบันมีเนื้อที่  54  ไร่  ต่อมาปี พ.ศ. 2523 นายวิทยา  สารกุล  มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่จนถึง ปี พ.ศ. 2542

ในปีการศึกษา 2542 ภาคเรียนสุดท้ายได้ยุบโรงเรียน และนักเรียนทั้งหมดได้ไปเรียนที่โรงเรียนบ้าน   ภูพระโนนผักหวาน และโรงเรียนบ้านหนองด้วงวังประทุม วันที่ 18 สิงหาคม พ.ศ. 2548 คณะ กรรมการเขตพื้นที่การศึกษาหนองบัวลำภู เขต 2 ในคราวประชุมครั้งที่ 3/2548 มีมติให้โรงเรียนบ้าน ซำขอนแก่นคืนสภาพเป็นเอกเทศ เปิดดำเนินการจัดกิจกรรมการเรียนการสอน 2 ระดับ คือ อนุบาล 1 ถึงประถมศึกษาปีที่ 6  มีนักเรียนตามข้อมูล OBEC 49 จำนวน 50 คน เป็นชาย 30 คน หญิง 20 คน

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาหนองบัวลำภู เขต 2 มีคำสั่งให้นายบุญเลิศ บุญมี ครู ค.ศ. 2 โรงเรียนบ้านภูพระโนนผักหวาน สพท.นภ.2 เดิม     ไปรักษาการตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนตามคำสั่งที่ 1230/2549 ลงวันที่ 16 พฤษภาคม 2549

 ในวันที่ 10 มิถุนายน 2549 สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษา หนองบัวลำภู เขต 2 เดิม มีคำสั่งให้นายทรงศักดิ์  พลพงษ์     มารักษาการในตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนในวันที่ 15 พฤศจิกายน 2549 สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษา หนองบัวลำภู เขต 2  เดิม

มีคำสั่งให้นางศุภภัทร สังวงศ์   มารักษาการในตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน

วันที่ 1 ตุลาคม 2550 สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษา หนองบัวลำภู เขต 2 เดิม มีคำสั่งให้ ว่าที่ร้อยเอก ภัทรนิธิ์  ภักดีพันดอน  มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนในคราวประชุมคณะกรรมการเขตพื้นที่การศึกษา ครั้งที่ 1/2551 วันที่ 30 มกราคม 2551 ที่ประชุมมีมติให้เปลี่ยนชื่อโรงเรียนเป็น “โรงเรียนซำขอนแก่นวิทย์”ตามระเบียบกระทรวงศึกษาธิการ ว่าด้วยการตั้งชื่อสถานศึกษาปี พ.ศ. 2547

ปัจจุบันมี  นายนิคม  บุญเรืองศรี  ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน ตั้งแต่วันที่ 1 มีนาคม พ.ศ.2562  เปิดสอนตั้งแต่ระดับ  อนุบาล  2  ถึง  ประถมศึกษาปีที่  6