โรงเรียนบ้านโนนประทาย ตำบลหนองแหน อำเภอกุดชุม จังหวัดยโสธร  ตั้งขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2510 โดยการนำของนายหำ  ชนะวงษ์   ผู้ใหญ่บ้านพร้อมด้วยประชาชนในหมู่บ้าน ได้จัดหาวัสดุในการก่อสร้างอาคารเรียน ทางคณะกรรมการศึกษาอำเภอซึ่งประกอบด้วย  นายอนันต์  คุ้มสิน  นายอำเภอกุดชุม  นายประเสริฐ ไตไทยะ  ศึกษาธิการอำเภอกุดชุม สนับสนุนจัดหาสังกะสีมุงหลังคา  และได้สร้างอาคารเรียนขึ้นในที่ดินของวัด ศิริดงเย็น บ้านโนนประทาย  ตำบลหนองแหน  อำเภอกุดชุม  สำเร็จและใช้เปิดเป็นสถานศึกษาได้เมื่อกลางเดือนเมษายน 2510

            เมื่อวันที่  1  พฤษภาคม  2510  นายประเสริฐ   โตไทยะ  ศึกษาธิการอำเภอกุดชุม พร้อมด้วย นายวิเชียร  ศิริ ครูใหญ่โรงเรียนบ้านโพนงาม  ประธานคณะกรรมการกลุ่มโพนงาม  ได้มาทำการเปิดโรงเรียนพร้อมกับประชาชนในหมู่บ้าน และได้ตั้งชื่อโรงเรียนว่า โรงเรียนวัดบ้านโนนประทาย ในระยะแรกของการเปิดเรียนยังไม่มีครูมาประจำทำการสอน  ทางราชการจึงแต่งตั้งให้นาย วิเชียร  ศิริ  ปรานคณะกรรมการกลุ่มโรงเรียนโพนงาม มารักษาการในตำแหน่ง และประจำทำการสอนไว้เป็นการชั่วคราวโดยจะมีคำสั่งเปลี่ยนแปลง โดยเปิดสอนครั้งแรกมีจำนวนนักเรียนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 4 จำนวน  84 คน

           ต่อมาเมื่อปี พ.ศ. 2514  ได้รับงบประมาณก่อสร้างอาคารเรียนแบบ  ป.1ซ.จากองค์การบริหารส่วนจังหวัดยโสธร  จำนวน  1  หลัง  3   ห้องเรียน  จึงได้ย้ายโรงเรียนมาตั้งในที่โรงเรียนในปัจจุบัน  ซึ่ง นายหำ  ชนะวงษ์ ได้จับจองไว้เพื่อสร้างโรงเรียน จำนวน  50  ไร่   ปีการศึกษา  2521, 2522  ได้เปิดเรียนการศึกษาภาคบังคับชั้นประถมศึกษาปีที่  5,6  ตามลำดับ  เมื่อปีการศึกษา 2532  ได้ทดลองเปิดชั้นเด็กเล็กโดยไม่ผูกพันกับงบประมาณของทางราชกาล และได้เปิดชั้นเด็กเล็กตามเกณฑ์ของ สปช. เมื่อปีการศึกษา 2533  เปิดทำการสอนระดับชั้นอุดมศึกษาตอนต้นปีการศึกษา  2539,2540 เปิดสอนชั้นอนุบาล 1 และ 2 ตามลำดับ  และเป็นโรงเรียนปฏิรูปการศึกษาปีการศึกษา 2540  ปัจจุบันเปิดสอน 3 ระดับดังนี้

            ระดับก่อนประถมศึกษาเปิดสอนชั้นอนุบาล 2  ระดับประถมศึกษาเปิดสอนชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 ระดับมัธยมศึกษาเปิดสอนชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 ถึง ชั้นมะยมศึกษาปีที่ 3   โดยมีทำเนียบผู้บริหารดังต่อไปนี้

1.  นายวิเชียร    ศิริ                    ครูใหญ่   พ.ศ. 2510 - 2512
2.  นายสถิต      สายดวง            ครูใหญ่   พ.ศ. 2512 - 2513
3.  นายวัฒนะ   สุยคำไฮ            ครูใหญ่   พ.ศ. 2513 - 2515
4.  นายดำรงค์   ศรีวนติ              ครูใหญ่   พ.ศ. 2515 - 2519
5.  นายสุธรรม  วงษ์ละคร            ครูใหญ่   พ.ศ. 2519 - 2520
6.  นาย วีระศักดิ์ วรรณชาติ          ครูใหญ่   พ.ศ. 2520 - 2552
7.  นายสุริโยโสมณวัฒน์             ผู้อำนวยการ พ.ศ. 2552 - 2562  
8.  ว่าที่ร้อยตรีเฉลิมพล ลุนาบุตร  ผู้อำนวยการ พ.ศ. 2562 - ปัจจุบัน