โรงเรียนบ้านหนองแปนก่อตั้งเมื่อ วันที่  1  มิถุนายน  พ.ศ. 2483  มีชื่อว่า "โรงเรียนประชาบาลตำบลแขม 5"  โดยนายแสวง  อินทนิล นายอำเภออุทุมพรพิสัย  สังกัดกระทรวงศึกษาธิการ และองค์การบริหารส่วนจังหวัด  จัดการเรียนการสอนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่  1  ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่  4  โดยมีนายปิ่น  เติมใจ  เป็นครูใหญ่

วันที่  17  กันยายน  พ.ศ. 2485  นายปิ่น  เติมใจ  ย้ายไปดำรงตำแหน่งครูใหญ่ที่โรงเรียนประชาบาลตำบลรังแร้ง 2  วัดบ้านเพ็ก  นายชื่น  แขมคำ  มาดำรงครูใหญ่แทน

ต่อมา นายชื่น  แขมคำ  ย้ายไปดำรงครูใหญ่ที่โรงเรียนประชาบาลตำบลแขม  1 วัดบ้านแขม  แต่งตั้ง นายผิว  พงษ์ภา  มารักษาการแทน

วันที่  21  มิถุนายน  พ.ศ. 2487  นายเลียน  ศรีเลิศ  ย้ายมาดำรงตำแหน่งครูใหญ่

วันที่  16  มิถุนายน  พ.ศ.  2489  นายเลียน  ศรีเลิศ  ย้ายไปดำรงตำแหน่งครูใหญ่โรงเรียนประชาบาลตำบลแขม  4  วัดบ้านโนนสูง  นายใส  เลขลบ  มารักษาการตำแหน่งครูใหญ่  และย้ายไปดำรงตำแหน่งครูใหญ่ที่โรงเรียนประชาบาลตำบลโดด  3  วัดบ้านหนองเหล็ก 

วันที่  20  มีนาคม  พ.ศ.  2489  นายผจญ   บัวงาม  ย้ามมาดำรงตำแหน่งครูใหญ่ และประสบอุบัติเหตุฟ้าผ่าถึงแก่ความตาย    นายพิมพา  ใยเมือง  รักษาการในตำแหน่งครูใหญ่

วันที่  19  กุมภาพันธ์  พ.ศ.  2501  นายเลี่ยม  พันธสีมา  มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่  และย้ายไปดำรงตำแหน่งครูใหญ่ที่โรงเรียนประชาบาลตำบลโดด 3  วัดบ้านหนองเหล็ก  นายใส  เลขลบ  มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่

วันที่  18  กันยายน  พ.ศ.  2514  นายใส  เลขลบ  ครูใหญ่  ได้มอบที่ดิน จำนวน  1  แปลง  พื้นที่  4  ไร่  1  งาน  58  ตารางวา  น.ส. 3 เลขที่  73  เป็นสถานที่ตั้งโรงเรียนแทนศาลาวัดบ้านหนองแปน

พ.ศ.  2517  ได้รับงบประมาณ  จำนวน  129,000  บาท  จากทางราชการ สร้างอาคารเรียนแบบ  ป. 1 ก.  ขนาด  3  ห้องเรียน  ดำเนินการสร้างเมื่อ  26  กรกฎาคม  พ.ศ.  2517  ปี  พ.ศ. 2518  ได้รับงบประมาณจากสภาตำบลแขม ต่อเติมอาคาร  ป. 1 ก.   จำนวน  20,000  แต่ยังไม่แล้วเสร็จ

วันที่  14  กันยายน  พ.ศ.  2519  นายใส  เลขลบ ได้ออกจากราชการตามคำสั่งองค์การบริหารส่วนจังหวัดที่  761/2519  และแต่งตั้ง  นายโฮม  พวงมะเทศ  มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่

พ.ศ.  2521  ได้งบประมาณจากทางราชการจำนวน  20,000  ต่อเติมอาคาร  ป. 1 ก.   จนสำเร็จ  รวมมีห้องเรียน  4  ห้อง

พ.ศ.  2521  เปิดเรียนชั้นประถมศึกษาปีที่  5     และปีการศึกษา  2522  เปิดชั้นประถมศึกษาปีที่  6 

พ.ศ.  2523  ได้รับงบประมาณจากองค์การบริหารส่วนจังหวัด  จำนวน  360,000  บาท  สร้างอาคารเรียนแบบ ศก. 04 ก.  จำนวน  2  ชั้น  3  ห้องเรียน  รวมมี  2  อาคาร  7  ห้องเรียน  ในปีนี้ได้เปิดชั้นอนุบาลปีที่  1  โดยได้รับงบประมาณสนับสนุน วัสดุครุภัณฑ์  จำนวน  4,500  บาท

วันที่  1  ตุลาคม  พ.ศ.  2523   ได้โอนโรงเรียนจากองค์การบริหารส่วนจังหวัดศรีสะเกษ  มาเป็นสำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ (สปช.) สังกัดกระทรวงศึกษาธิการ  ครู นักเรียน ชุมชน ร่วมกันจัดผ้าป่าเพื่อหางบประมาณนำมาส้างส้วม  2  ที่  เสาไม่แก่น  100  ต้น  ลวดหนาม  สำหรับสร้างรั้วโรงเรียน

พ.ศ.  2524  ได้รับงบประมาณ จาก  สปช. สร้างบ้านพักครู แบบ ศก. 14 ก.  งบประมาณ  80,000  บาท  จำนวน  1  หลัง  แล้วเสร็จในวันที่  15  ตุลาคม  พ.ศ.  2524

วันที่  1  มกราคม  พ.ศ.  2527  ครู  นักเรียน  ผู้ปกครอง  จัดงานเพื่อหารายได้สร้างซุ้มประตูโรงเรียน พร้อมติดตั้งประตูเหล็ก  2  บาน  เป็น  32,400  บาท  ติดตั้งพัดลมเพดาน  1  ตัว  เป็นเงิน  650  บาท  ม้าหินอ่อน  12  ตัว  เป็นเงิน  3,340  บาท  คุณสุพัตรา  วิทยาตระกูล  มอบเครื่องพิมพ็ดีด  1  เครื่อง  ราคา  15,000  บาท  รวามเป็นเงิน  51,390  บาท

วันที่  25  พฤศจิกายน  พ.ศ.  2525  ได้รับงบประมาณ สร้างโรงฝึกงาน  แบบ  ศก. 23  กว้าง  8  เมตร ยาว  17.50  เมตร  พื้นที่  122.50  ตารางเมตร  งบประมาณ  104,400  บาท

พ.ศ.  2528  นายโฮม  พวงมะเทศ  ครูใหญ่ย้ายไปดำรงตำแหน่งที่โรงเรียนบ้านตลาดพัฒนา  นายผิว  ศรีหวาด  ครูใหญ่มาดำรงตำแหน่งแทน 

วันที่  3  กันยายน  พ.ศ.  2528  ได้รับงบปรมาณ สร้างส้วมแบบ  สปช.601/2526  กว้าง  2.80  เมตร  ยาว  3.60  เมตร  จำนวน  4  ที่  งบประมาณ  36,000  บาท

วันที่  30  กันยายน  พ.ศ.  2528  นายผิว  ศรีหวาด  เกษียณอายุราชการ  นายกมล  ถาวร  รักษาการตำแหน่งครูใหญ่

พ.ศ.  2529  นายสุริยงค์  บุรมย์  รูใหญ่โรงเรียนบ้านแต้  อสพป.38  ย้ายมาดำรงตำแหน่งครูใหญ่

เดือน  มิถุนายน  พ.ศ.  2529  ได้รับงบประมาณ สร้างถังเก็บน้ำฝน  ฝ.  33  1  ชุด  3  ลูก  ราคา  35,000  บาท

เดือนสิงหาคม  พ.ศ.  2533  ได้รับงบประมาณสนับสนุน  จากนักศึหกษาคณะวิศวกรรมการเกษตร  มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์บางเขน  ต่อเติมอาคารเรียน แบบ  ศก. 14 ก.  ชั้นล่าง  2  ห้อง  แต่ไม่แล้วเสร็จ  คณะกรรมการศึกษาอนุมัติเงินบำรุงการศึกษาที่มีอยู่ดำเนินการจนแล้วเสร็จในเดือน  ตุลาคม  พ.ศ.  2533

วันที่  6  กุมภาพันธ์  พ.ศ.  2536  นายกมล  ถาวร  และนางเกศรินทร์  ถาวร  มอบตู้เย็น  1  หลัง  คิดเป็นเงิน  7,500  บาท 

วันที่  7  ตุลาคม  พ.ศ.  2538  คณะผ้าป่าสามัคคีกรุงเทพ มอบพัดลมติดเพดาน  จำนวน  17  เครื่อง

เดือน  กรกฎาคม  พ.ศ.  2542  ได้รับงบประมาณ มิยาซาวา สร้างถังเก็บน้ำฝนแบบ ฝ. 30 พิเศษ  จำนวน  4  ถัง  ราคา  81,000  บาทและได้รับงบประมาณจากคณะผ้าป่าสร้างประปาโรงเรียน งบประมณ 75,000  บาท

วันที่  1  กนกฎาคม  พ.ศ.  2542  นายสุริยงค์  บุรมย์  อาจารย์ใหญ่ไปช่วยราชการที่โรงเรียนเบญจคามวิทยาประชาสรรค์  และย้ายไปดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่ที่โรงเรียนบ้านหนองผือ

วันที่  30  ธันวาคม  พ.ศ.  2542  นายบุญยัง  บุรุษ  มาดำรงตำแหน่งอาจรย์ใหญ่  ตามคำสั่ง  สปจ.ศรีสะเกษ ที่126/2542

เดือน  กันยายน  พ.ศ.  2544  ได้รับเงินบริจาคจากชุมชน สร้างรั้วโรงเรียนโดยใช้เสาคอนกรีต  จำนวน  26  ต้น  เป็นเงิน2,340  บาททำโต๊ะอาหารพร้อมม้านั่ง  จำนวน  6  ชุด  เป็นเงิน  5,000  บาท  กั้นผนังคอนกรีตห้องเรียน  ป. 5 กับ ป.4  เป็นเงิน  1,000  บาท  จัดซื้อเครื่องพริ้นเตอร์  1  เครื่อง  ราคา  9,800  บาท  รับบริจาคเครื่องโรเนียว จากอาจารย์สว่าง  บุญกันหา  ครูใหญ่โรงเรียนโพธิ์ศรีสุวรรณวิทยาคม  จำนวน  1  เครื่อง  ราคา  10,000  บาท

วันที่  14  ตุลาคม  พ.ศ.  2544  ได้รับงบประมาณจากคณะผ้าป่าสามัคคีกรุงเทพร่วมกับชุมชน  จำนวน  61,797  บาทสร้างอาคารหอสมุดโรงเรียน  แต่ยังไม่แล้วเสร็จและจะดำเนินการร่วมกับชุมชน  องค์กรเพื่อหางบประมาณดำเนินการต่อไป

วันที่  20  มีนาคม  2545  ได้รับงบจากทางราชการ สร้างสนามกีฬาเอนกประสงค์  ขนาดกว้าง  12.50  เมตร  ยาว  22  เมตร  หนาประมาณ  0.12  เมตร  งบประมาณ  100,000  บาท

วันที่  25  เมษายน พ.ศ.2545  ได้รับงบประมาณซ่อมแซมอาคารเรียนแบบ ศก.04  จำนวน  56,900  บาท

วันที่  1  ธันวาคม พ.ศ.2548  นายบุญยัง  บุรุษ  ย้ายไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนอนุบาลโพธิ์ศรีสุวรรณ

วันที่  22  ธันวาคม  พ.ศ.2548  นายชูเกียรติ  บุญกะนันท์  ย้ายมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านหนองแปน  และได้เปลี่ยนชื่อเป็น นายเผ่าพงษ์พัฒน์  บุญกะนันท์

วันที่  25  เมษายน  พ.ศ. 2554  นายเผ่าพงษ์พัฒน์  บุญกะนันท์  ได้ลาออกจากราชการ งานในหน้าที่ได้มอบให้ นายกมล  ถาวร เป็นผู้รักษาราชการแทนผู้อำนวยการโรงเรียน

วันที่  25  กรกฏาคม  พ.ศ. 2554 นายณัฐชัย  เชิงหอม  ได้รับคำสั่งจากสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาศรีสะเกษ เขต 2  ให้มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านหนองแปน  และมารับตำแหน่งในวันที่  11 สิงหาคม  พ.ศ. 2554  

วันที่  23  ธันวาคม  พ.ศ. 2554  คณะครู ผู้ปกครอง และชุมชน ทำผ้าป่าข้าวเปลือก และร่วมบริจาคเงินให้โรงเรียน  จำนวน  136,612  บาท เพื่อปรับปรุงอาคารเอนกประสงค์และปรับปรุงภูมิทัศน์

พ.ศ. 2555   ได้รับงบประมาณ ในการปรับปรุงซ่อมแซมอาคารเรียน แบบ ป. 1 ก.  จำนวน  100,000  บาท

วันที่  30  ธันวาคม  พ.ศ. 2556  ผู้นำชุมชนและผู้ปกครองนักเรียน จัดทำผ้าป่าเพื่อการศึกษา  เพื่อปรับปรุงอาคารเรียน ได้เงิน จำนวน  510,000  บาท

พ.ศ. 2558  ได้รับงบประมาณ จากสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน ในการก่อสร้างอาคารเรียน แบบ สปช.102/26  จำนวน  3  ห้องเรียน  งบประมาณ  1,257,000  บาท

คำส่ง สำนักงานศึกษาธิการจังหวัดศรีสะเกษ ที่ 78/2560  ให้ นายณัฐชัย  เชิงหอม ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านหนองแปน  ย้ายไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านหนองหัวหมู  และให้ นายเอกสิทธิ์  ใยทอน  ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านโนนลาน  ย้ายมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านหนองแปน  ตั้งแต่วันที่  1  พฤษภาคม  พ.ศ. 2560

วันที่  8  พฤษภาคม พ.ศ.2560  นายณัฐชัย  เชิงหอม ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านหนองแปน ได้เดินทางไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านหนองหัวหมู  อำเภออุทุมพรพิสัย 

วันที่  9  พฤษภาคม พ.ศ.2560  นายเอกสิทธิ์  ใยทอน ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านโนนลาน  ได้เดินทางมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านหนองแปน  จนปัจจุบัน

วันที่ 31 สิงหาคม  พ.ศ. 2561  โรงเรียนจัดทำผ้าป่าเพื่อการศึกษา เพื่อจัดซื้อคอมพิวเตอร์และปรับปรุงภูมิทัศน์ ได้เงิน 400,000  บาท

วันที่  15  ตุลาคม  2561  ต่อเติมชายคาหน้าห้องอนุบาลอาคารเรียน สปช.102/26