โรงเรียนบ้านตาโกน ตำบลตาโกน  อำเภอเมืองจันทร์  จังหวัดศรีสะเกษ  ตั้งขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2482 โดยอาศัยศาลาวัดบ้านตาโกนเป็นสถานที่เปิดเรียน  โดยนายจำปา  เกษมสุข  เป็นครูใหญ่
          พ.ศ. 2485  นายสังวร  อินทะนิล  มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่  และได้รับเงินศึกษาพลีจากทางราชการมาก่อสร้างอาคารเรียนเป็นเงิน 1,000 บาท  และราษฎรบริจาคสมทบอีก 76,725 บาท  เงินจำนวนนี้ได้ดำเนินการ  ดังนี้
1.ซื้อที่ดิน
2.ซื้อไม้
3.ซื้อเครื่องเหล็ก
         ได้ปลูกสร้างอาคารเรียนเอกเทศถาวร  ตามแบบกระทรวงศึกษาธิการ  ขนาดกว้าง 7  เมตรยาว  28  เมตร  ขนาด  3  ห้องเรียน  เมื่อ พ.ศ.  2486  แต่ยังไม่เสร็จ  ยังขาดเครื่องมุงกระดานฝาเพดานประตู  หน้าต่าง  ยกขึ้นยังไม่เปิดทำการสอน  ได้ถูกพายุพัดล้ม  1 ครั้ง  ยกขึ้นใหม่ตามเดิมในปีนั้นเองได้ทำพิธีขึ้น  ในวันศุกร์ที่  21  กรกฎาคม  2487  เป็นปฐมฤกษ์
          ในปี  พ.ศ.  2488  นายยงยุทธ  มโนรัตน์  มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่  และได้สร้างต่อในปีพ.ศ.  2493 ขอเงินจากทางราชการมาเป็นจำนวน 3,500  บาท  ตีฝาเสร็จเรียบร้อยแล้ว 
          ในปี พ.ศ. 2494  ยังขาดเครื่องมุง  ประตู  หน้าต่าง  และกั้นห้อง  ในปี พ.ศ.  2496  ได้มีผู้ร้ายลอบวางเพลิงถูกไฟไหม้เมื่อวันที่  7  กุมภาพันธ์  2496  เวลาประมาณ  23.00 น.  เอกสารต่าง ๆ  ไม่เสียหาย เพราะเก็บไว้ที่บ้านพักครู  ทางราชการได้ประเมินความเสียหายคิดเป็นเงิน 60,000 บาท  ทางโรงเรียนได้อาศัยศาลาวัดเป็นที่เรียนตั้งแต่วันที่  9  กุมภาพันธ์  2496
          ในปี  พ.ศ.  2501 ผู้แทนราษฎรได้ให้สังกะสี จำนวน 8 หาบ โรงเรียนได้ให้สังกะสีแก่ทางวัดไปใช้ก่อน  โรงเรียนให้ทางวัดเขียนเป็นหนังสือยืม  แต่ทางวัดไม่ยอม  โรงเรียนกับวัดจึงขัดใจกัน  ทางเจ้าอาวาสได้ขอให้นายอำเภอส่งครูใหญ่คนใหม่มาแทนคนเก่า  จึงยอมให้ขึ้นเรียนบนศาลาวัด
          พ.ศ.  2501  นายพุฒ  ชื่นตา  ได้มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่  แทนนายยงยุทธ  มโนรัตน์ โดยคำยินยอมและตกลงในที่ประชุมของนายอำเภอและศึกษาธิการอำเภอ
          พ.ศ.  2503  พระอาจารย์จันทร์  เขมิโย  เป็นเจ้าอาวาสและเป็นบุคคลสำคัญ  ได้วางโครงการก่อสร้างอาคารเรียน  ได้ขอความร่วมมือจากชาวบ้าน  พ.ศ.  2504  หน่วยพัฒนาการได้ให้เงินมาจำนวน
9,000  บาท  แต่ให้เป็นวัสดุ  คิดเป็นเงิน 8,500 บาทส่วนไม้และอุปกรณ์ต่าง ๆ พระอาจารย์จันทร์ เขมิโย เป็นผู้นำชาวบ้านนำมาพอที่จะยกอาคารเรียนได้
          วันศุกร์ที่ 31 มกราคม  พ.ศ.  2506 ทางราชการได้ให้นายสมศักดิ์  พันธ์เสน นายอำเภออุทุมพรพิสัยมาเป็นประธานเปิด  และในปี พ.ศ.  2507  ทางราชการได้สมทบเงินอีก 30,000 บาท ซื้อกระดานฝา กระดานปูพื้น  ประตู  หน้าต่าง   และบันได   สร้างเสร็จได้ทำพิธีขึ้น  แต่พระอาจารย์จันทร์  เขมิโย  ไม่อยู่ ในปี พ.ศ.  2508  ท่านกลับมาได้ปรึกษากับท่านขอขึ้นเรียนในอาคารเรียนหลังใหม่แต่ท่านไม่ยอมจะด้วยเหตุผลใดไม่ทราบได้
          ในปี  พ.ศ.  2513  ทางราชการอนุมัติเปิดเรียนจนถึงชั้นประถมปลาย  คณะครู  อาจารย์  ชาวบ้าน
ได้พร้อมใจกันหาวัสดุต่อเติมอาคารเรียนอีก  ได้จำนวน 1 ห้องเรียน  กับมุขหน้าอีก 2 มุข  แต่ยังขาดประตูหน้าต่าง  และได้เปิดเรียนชั้นประถมศึกษาปีที่ 5  เมื่อวันที่  18  พฤษภาคม  2513  เป็นต้นมา
          ในปี พ.ศ.  2515  ได้ขอความร่วมมือจากทางวัด  และชาวบ้านได้จัดงานเทศกาล ได้ซื้ออุปกรณ์สร้างอาคารเรียนใหม่  เสร็จเมื่อ พ.ศ.  2516  ราคาประมาณ  57,000 บาท
          พ.ศ.  2500  นายณรงค์  มโนรัตน์  ได้รับตำแหน่งครูใหญ่ในปีนี้  ได้รับงบประมาณสร้างอาคารเรียน  แบบศก.01  ขนาด  3  ห้องเรียน  ราคา  180,000 บาท  พร้อมกับอาคารเอนกประสงค์  แบบ ศก 23 จำนวน  1  หลัง  ราคา  60,000 บาท  สร้างเสร็จในเดือนเมษายน  พ.ศ.  2520
          พ.ศ. 2515  ได้ขอความร่วมมือ  จากทางวัดและชาวบ้านจัดงานเทศกาล  ได้เงินซื้ออุปกรณ์ตีฝากั้นห้องใส่ประตูหน้าต่าง  และระเบียงจนแล้วเสร็จ
          พ.ศ. 2521  ได้รับงบประมาณ  ก่อสร้างอาคาร  แบบศก.01  ขนาด 4  ห้องเรียน ราคา239,000 บาทสร้างแล้วเสร็จในเดือนเมษายน
          วันที่  1  พฤษภาคม  พ.ศ. 2521  นายชัยวัฒน์  ผมคำ  ได้รับคำสั่งให้ดำรงตำแหน่งครูใหญ่แทนนายณรงค์  มโนรัตน์  ซึ่งถึงแก่กรรม  เมื่อวันที่ 18  ตุลาคม  2520
          ปี  พ.ศ.  2525  ได้รับงบประมาณต่อเติมอาคารเรียนชั้นล่าง  ของอาคารเรียนแบบ ศก.01ขนาด  3 ห้องเรียน  ราคา  89,400 บาท  และในปีเดียวกัน  ได้รับงบประมาณก่อสร้าง อาคารเรียนแบบ ศก.04ก/25 ขนาด 3 ห้องเรียนพร้อมทั้งต่อเติมอาคารเรียนชั้นล่าง อีก 3 ห้องเรียน รวมเป็น 6 ห้องเรียนราคา 800,000บาท
          ในปี พ.ศ.  2525  ได้รับอนุญาตรื้อถอนอาคารเรียนหลังเก่า  แบบ ป.พิเศษ  ซึ่งชำรุดทรุดโทรมมากตามหนังสือ ที่ ศธ 1461.061689  ลงวันที่  15  กันยายน  2525  ชาวบ้านและคณะครู  ตลอดจนพระภิกษุสามเณรได้ช่วยกันรื้อถอนอาคารเรียนจนแล้วเสร็จ  และได้รับอนุญาตให้เอาวัสดุที่ใช้ได้ไปสร้างหอประชุมโดยใช้เสา 33 ต้น  กว้าง 9 เมตร  ยาว 33 เมตร  โดยไม่ใช้งบประมาณของทางราชการแต่อย่างใด คิดเป็นเงิน มูลค่า 34,000 บาท
          ในปี พ.ศ.  2531  ได้รับงบประมาณ  สร้างถังน้ำฝนแบบฝ.พิเศษ  จำนวน 6 ถัง  บรรจุน้ำได้30 ม. ราคา 86,000 บาท  และในปีเดียวกัน  นายวิเชียร  เมืองจันทร์  ได้สร้างห้องเรียนราคา17,600 บาท  และมอบ ให้โรงเรียน  เมื่อวันที่  28  ตุลาคม  2532  เพื่ออนุสรณ์  เนื่องในวันเกษียณอายุราชการปี 2535  ได้รับงบประมาณสร้างสนามฟุตบอล  แบบ ฝ. สปช. ประตูฟุตบอล 1 ชุด  พร้อมตาข่ายสนามกว้าง 59 ฟุต ยาว 89 เมตร  ราคา 100, 000 บาท  และได้รับบริจาคเงินจากนายศักดิ์ชัย และนางจากิรัน    คูการ์  เป็นเงิน  50,000 บาท  สร้างห้องเรียนต่อเติมชั้นเรียน  อาคารเรียนแบบ ศก.01  จำนวน  2 ห้องเรียนและได้มอบให้โรงเรียนเมื่อวันที่  28  กรกฎาคม  พ.ศ.  2535
          ปี งบประมาณ  2538  ได้รับงบประมาณก่อสร้าง  สนามบาสเก็ตบอล  ราคา 128,000 บาท สร้างส้วมแบบ สปช.601/26  ขนาด 4 ที่นั่ง  ราคา 90,000 บาท
          วันที่  9  มกราคม  2539  นายวุฒิศักดิ์  สุราวุธ  ได้มาดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่แทนนายชัยวัฒน์  ผมคำ 
          วันที่  16  เมษายน  2539  นายวุฒิศักดิ์  สุราวุธ  อาจารย์ใหญ่โรงเรียนบ้านตาโกน  ได้รับตำแหน่งให้สูงขึ้นเป็นผู้อำนวยการโรงเรียน  สำหรับโรงเรียนที่มีนักเรียนตั้งแต่ 540 คนขึ้นไป
          วันที่  31  ตุลาคม  2540  นายแท่ง  สุระ  ผู้ช่วยผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านตาโกน  ได้รับแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งให้สูงขึ้นเป็น ผู้ช่วยผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านตาโกนเป็นโรงเรียนที่มีความยุ่งยากลำบากในการจัดการศึกษา
          วันที่  20  กุมภาพันธ์  2541  นายแท่ง  สุระ  ผู้ช่วยผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านตาโกน  ได้รับแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่ง  ผู้ช่วยผู้อำนวยการโรงเรียนปกติ
          งบประมาณ  2539  ได้รับงบประมาณก่อสร้างอาคาร  สปช.105/29  จำนวน 1 หลัง  4  ห้องเรียนงบประมาณ  1,637,500 บาท    ได้รับงบประมาณ  โรงเรียนปฏิรูปการศึกษาเพื่อปรับปรุงโรงเรียน  ให้เป็นปัจจุบัน 90,470 บาท  ได้รับบริจาค  โดยมีวัตถุประสงค์  งบประมาณ  300,000 บาท
          ปี พ.ศ.  2539  โรงเรียนได้รับเงินบริจาคจากคณะผ้าป่าจังหวัดสกลนคร  คณะครู  ผู้ปกครองนักเรียน  และประชาชนทั่วไปสำหรับสร้างอาคารหอสมุดโรงเรียน 103,000 บาท
          ปี พ.ศ.  2539 – 2540  โรงเรียนได้จัดงานผ้าป่าเพื่อการศึกษา  สำหรับสร้างอาคารเรียนอนุบาลจำนวน  1  หลัง  4  ห้องเรียน  เป็นเงิน 400,000 บาท
          ปีงบประมาณ 2540  โรงเรียนบ้านตาโกน  ได้รับงบประมาณ  เป็นค่าปักเสาไฟฟ้าภายในบริเวณโรงเรียนจำนวน  171,803  บาท  และค่าปรับปรุงโรงเรียนให้เป็นปัจจุบัน  จำนวน 41,177 บาท
          ปีงบประมาณ  2541  โรงเรียนได้รับจัดสรรงบประมาณจากทางราชการเป็นค่าก่อสร้างอาคารสปช. 601/26  จำนวน 1 หลัง   4 ที่นั่ง  งบประมาณ  111,000 บาท  และงบประมาณค่าเดินสายไฟฟ้าอาคารเรียนและค่าอุปกรณ์ติดตั้ง  จำนวน 158,900 บาท  ได้รับเงินบริจาคเพื่อสร้างถนนในโรงเรียนจากผู้ปกครองนักเรียนและประชาชนทั่วไป  จำนวน 15,037 บาท
        ปีงบประมาณ2542 โรงเรียนได้รับงบประมาณจากองค์กรสงเคราะห์เด็กและชุมชน(ICS)จำนวน 79,806 บาท  ปีงบประมาณปี  2542 โรงเรียนบ้านตาโกนได้รับจัดสรรงบประมาณถมดินสนามฟุตบอล  ( ฟ. 1) 100,000 บาท ค่าถังน้ำแบบ ฝ.30  พิเศษ  79,933 บาท ประปาโรงเรียน  36,067 บาท ได้รับบริจาคจากนักเรียนชั้นประถมศึกษาปีที่ 6  และชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 3 เป็นค่าก่อสร้างรั้ว 18,600 บาท ได้รับบริจาครั้วคอนกรีตจากผู้ปกครอง  ประชาชน  คณะครู  จำนวน 38,343 บาท คุณกรรมา  คุณสมใจ  พลอาจ  บริจาคสร้างรั้วเป็นเงิน 3,000 บาท งบประมาณปี 2543  โรงเรียนบ้านตาโกนได้รับบริจาคจากผ้าป่าศิษย์เก่า เมื่อวันที่  31ธันวาคม  2543   เพื่อเป็นกองทุนการศึกษา  จำนวน 25,790.50 บาท ได้รับบริจาคจากนักเรียนชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 3  จัดซื้อเก้าอี้พลาสติกสีแดง  จำนวน 23 ตัว คิดเป็นเงิน 2,300 บาท
            ปีงบประมาณ พ.ศ.  2544  โรงเรียนได้รับจัดสรรงบประมาณ  สร้างส้วม  แบบสปช. 601/26  จำนวน 1หลัง 4 ที่นั่งราคา 50,400 บาท  และได้รับจัดสรรงบประมาณสร้างลานกีฬาอเนกประสงค์ 
ของการกีฬาแห่งประเทศไทยราคา 161,500  บาท  และได้งบประมาณซ่อมแซมยกพื้นสูง อาคารเรียน ศก.01  จำนวน   4  ห้องเรียน ราคา 82,350  บาท 
           ปี  2554   ได้สร้างหอประชุมกิตติรัตนานุกูล  โดยงบประมาณบริจาค 2 ล้านบาทวันที่  15 ตุลาคม  พ.ศ. 2555  นายนิรันดร์  ทองสาย  ย้ายมาดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการโรงเรียน   ดำรงตำแหน่งในโรงเรียนนี้  หลังจากนายวุฒิศักดิ์  สุราวุธ  เกษียณอายุราชการ 
          เดือนเมษายน   2557   ได้รับจดสรรงบประมาณจากองค์การบริหารส่วนจังหวัดศรีสะเกษ จำนวน  2 ล้านบาท ก่อสร้างสนามฟุตซอล พร้อมอุปกรณ์ในการออกกำลังกายและอุปกรณ์สำหรับเด็กเล่น
           วันที่  25   พฤศจิกายน  2557  ได้รับรางวัลลูกโลกสีเขียวจากสถาบันลูกโลกสีเขียว วันที่  3  กุมภาพันธ์   2558  ได้รื้ออาคารรียนแบบ ศก 04  ขนาด  8 ห้องเรียน  แล้วได้รับงบประมาณก่อสร้าง อาคารเรียน  แบบ สปช. 105/29 จำนวน 1 หลัง  ราคา  3,438,100  บาท ก่อสร้างเสร็จ  |25  กันยายน  2558
          วันที่  1 พฤศจิกายน  พ.ศ. 2561  นางสาววิชชุตา   ไชยราช ย้ายมาดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านตาโกน  หลังจากนายนิรันดร์  ทองสาย  ย้ายไปดำรงตำแหน่งที่โรงเรียนบ้านสำโรง(วิทยาราษฎร์)