โรงเรียนบ้านานวนหนองแคน  ตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 20 กรกฎาคม พ.ศ.2482 โดยนายอำเภอห้วยทับทัน  ในขณะนั้น  มีชื่อว่า  “ โรงเรียนบ้านนานวนประชาบาล  ตำบลจานแสนไชย  (วัดบ้านนานวน)”  อาศัยวัดบ้านนานวนเป็นที่ตั้ง

          พ.ศ.  2519  ได้ย้ายโรงเรียนมาตั้งในที่ตั้งโรงเรียนปัจจุบัน  ซึ้งในขณะนั้นมีเนื้อที่  4 ไร่  3 งาน  78        ตารางวาโดยคณะครูร่วมกับผู้ปกครองนักเรียนร่วมกันบริจาคซื้อที่ดิน  ในราคา  5,700  บาท  และได้ก่อตั้ง     สร้างอาคารเรียนถาวร  แบบ  ศก.01 จากเงินงบประมาณ  180,000  บาท  และได้เปิดใช้ในวันที่ 30  มกราคม  พ.ศ.  2520

          พ.ศ.  2522  เปิดทำการเรียนการสอนถึงชั้นประถมศึกษาปีที่  5  และเปิดถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 ในปีต่อมา  จนถึงปัจจุบัน         

พ.ศ.  2523  ได้รับงบประมาณก่อสร้างส้วม 1 หลัง  5  ที่ แบบ  401 / 5  งบประมาณจากทางราชการ  30,000  บาท  (ขออนุญาตจำหน่ายปี  พ.ศ.  2543)  มีการเปลี่ยนแปลงพื้นที่การปกครอง  โรงเรียนบ้านนานวนจึงอยู่ในเขตปกครองของตำบลจานแสนไชย  และย้ายมาสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ  พร้อมกับได้รับงบประมาณต่อเติมด้านล่างด้วย

          พ.ศ.  2525  ได้รับงบประมาณสร้างโรงฝึกงาน  1  หลัง แบบ ศก.  23/2524 วงเงิน  104,000  บาท  บ้านพักครู  1 หลัง แบบ  กรมสามัญ งบประมาณ  169,500 บาท ซื้อที่ดินเพิ่มขยายไปทางทิศใต้อีก  เนื้อที่ 1 ไร่  1  งาน  วงเงิน  15,000  บาท  รวมเป็น  6  ไร่  78  ตารางวา

          พ.ศ. 2526  ได้รับงบประมาณสร้าง  ต่อเติมด้านข้าง และก่อสร้างถังน้ำฝน ฝ.33 วงเงิน 25,500 บาท

          พ.ศ.  2527  ได้รับอนุญาตให้เปิดสอนชั้นเด็กเล็ก  7  เมษายน  2536 เปลี่ยนชื่อโรงเรียนมาเป็น  “ โรงเรียนบ้านนานวนหนองแคน ”ตามความเห็นชอบ  ของคณะครู ชาวบ้านนานวนและชาวบ้านหนองแคน

          ปัจจุบันโรงเรียนบ้านนานวนหนองแคนกลุ่มเครือข่ายพัฒนาคุณภาพการศึกษาที่13 อำเภอห้วยทับทัน  จังหวัดศรีสะเกษ  สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาศรีสะเกษ เขต  2  จัดการศึกษา  2  ระดับ  คือ  ระดับก่อนประถมศึกษาและระดับประถมศึกษา