โรงเรียนบ้านบ้านขะยูง เป็นโรงเรียนประชาบาลประเภทนายอำเภอจัดตั้ง เมื่อวันที่ 1 เมษายน 2482 เดิมขึ้นตรงกับอำเภออุทุมพรพิสัย โดยมีนายสาลี ศิริเรือง เป็นครูใหญ่คนแรกและเป็นครูคนเดียวของโรงเรียน เดิมจัดการเรียนการสอนตามหลักสูตรกระทรวงศึกษาธิการ ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1-4
อาคารเรียนหลังแรกเป็นแบบเอกเทศชั่วคราวเสาไม้ไผ่มุงหลังคาด้วยหญ้าคา นักเรียนนั่งเรียนกับพื้นดิน ต่อมาเกิดไฟไหม้เสียหายหมด คณะครูและชาวบ้านจึงร่วมกันปลูกสร้างขึ้นใหม่เป็นโรงยาวเสาไม้ไผ่มุงหลังคาด้วยหญ้าคาและนั่งเรียนกับพื้นเหมือนเดิม ต่อมาโรงเรียนได้ประชุมคณะครู ผู้ใหญ่บ้านและชาวบ้านเปลี่ยนจากเสาไม้ไผ่และเปลี่ยนจากแบบโรงยาวเป็นศาลาแบบศาลาเปรียญมุงหลังคาด้วยหญ้าคาและนั่งเรียนพื้นแบบเดิม พ.ศ.2498 ได้ปรับปรุงพื้นโดยการปูพื้นด้วยปีกไม้ที่ขรุขระในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2503 คณะครูร่วมกับชาวบ้านสานฝาไม้ไผ่ เพื้อกั้นห้องป้องกันทั้งแดดและฝน ทำให้นักเรียนไม่ลำบากในขณะที่เกิดฝนตก ปีงบประมาณ 2504 โรงเรียนได้รับงบประมาณต่อเติมชั้นเรียน 1 ห้องเรียนและได้ปรับปรุงหลังคาเป็นแบบ ป.1 ช. แต่ยังขาดฝาผนัง ประตู หน้าต่างและบันได ปีงบประมาณ 2522 ได้รับงบประมาณเพิ่มและได้ต่อเดิมเป็นแบบ ป.1 ซ. จนเสร็จสมบูรณ์ ปีงบประมาณ 2522 ได้รับงบประมาณก่อสร้างอาคารเรียนแบบ ศก.03/2522 ขนาด 3 ห้องเรียน 2 ชั้น สร้างเฉพาะชั้นบนและบ้านพักครูแบบ ศก.13 จำนวน 1 หลัง ปีงบประมาณ 2523 โรงเรียนได้รับงบประมาณต่อเติมชั้นล่างและสร้างโรงฝึกงาน 1 หลัง ปีงบประมาณ 2524 ทางโรงเรียนขออนุญาตรื้อถอนอาคารหลังเก่า แบบ ป.1 ซ. ซึ่งชำรุดมากนำไปสร้างเป็นห้องประชุมติดกับโรงฝึกงาน ต่อมาได้รับงบประมาณก่อสร้างอาคารเรียนแบบ ศก.04/2524 จำนวน 3 ห้องเรียน ปีการศึกษา 2539 โรงเรียนได้รับงบประมาณสนับสนุนจากศิษย์เก่าและผู้ปกครองนักเรียน ต่อเติมอาคารเรียนแบบ ศก.04/2524 ชั้นล่าง จำนวน 3 ห้องเรียน จนเสร็จสมบูรณ์โดยไม่ใช้งบประมาณของทางราชการ
ปี พ.ศ. 2540 โรงเรียนบ้านขะยูงได้รับการคัดเลือกเป็นโรงเรียนนำร่องปฏิรูปการศึกษา ตามนโยบายของกระทรวงศึกษาธิการได้รับคัดเลือกเป็นโรงเรียนพัฒนาตนเองแบบยั่งยืนของจังหวัดศรีสะเกษ
วันที่ 31 มีนาคม 2540 โรงเรียนได้รับงบประมาณเพื่อปรับปรุงโรงเรียนให้เป็นปัจจุบัน จำนวน 78,025 บาท
วันที่ 11 เมษายน 2540 คณะกรรมการชาวบ้านบาก ร่วมบริจาคทรัพย์และอุปกรณ์เพื่อติดตั้งพัดลม และคณะกรรมการโรงเรียนร่วมกับผู้ปกครอง บริจาคเงินซื้อตู้เก็บเอกสาร จำนวน 2 หลัง มูลค่า 10,000 บาท
วันที่ 22 กรกฎาคม 2540 ได้รับงบประมาณบริจาคของบริษัทเครือซีเมนต์ไทยสร้างอาคารห้องสมุดเป็นเงิน 100,000 บาท โดยผู้ปกครองนักเรียนและผู้มีจิตศรัทธาในชุมชนร่วมบริจาคสมทบจนแล้วเสร็จรวมใช้งบประมาณ 300,000 บาท
ปี 2552 ผ่านการประเมินเป็นโรงเรียนต้นแบบจัดกิจกรรมการเรียนการสอนตามปรัชญาของเศรษฐกิจพอเพียง
วันที่ 20 เมษายน 2533 ได้รับงบประมาณซ่อมแซมอาคาร ศก. 03/2522 เปลี่ยนเสาและยกอาคารเรียนให้สูงขึ้น
วันที่ 24 พฤษภาคม 2553 ได้รับจัดสรรงบประมาณซื้อ เครื่องคอมพิวเตอร์และระบบเครือข่ายอินเตอร์เน็ตความเร็วสูงเพื่อการศึกษา งบประมาณปี 2533 ตามแผนปฏิบัติการไทยเข้มแข็ง (SP2) จำนวน 13 รายการ รวมเป็นเงินทั้งสิ้น 354,360 บาท
ปี 2556 ได้งบประมาณซ่อมแซมห้องประชุมด้านล่างอาคารเรียน ศก.03/2522 (งบโรงเรียนดีศรีตำบล 414,800 บาท) และต่อเติมกันสาดด้านหน้าอาคาร 03/23 (งบดอกผลโครงการ ไอ ซี เอส 54,320 บาท)
วันที่ 18 สิงหาคม 2556 ผ่านการประเมินโรงเรียนดีศรีตำบล
วันที่ 10 พฤศจิกายน 2556 ต่อเติมกันสาดด้านหน้าอาคาร ศก.04/2524 งบประมาณ 100,000 บาท (งบแปรญัตติ)
ปี พ.ศ. 2558 ได้รับงบประมาณสนับสนุนโครงการเด็กไทยแก้มใส จาก สสส. จำนวน 42,000 บาท
ปี พ.ศ.2559 ได้รับงบประมาณสนับสนุนโครงการเด็กไทยแก้มใส จาก สสส. จำนวน 94,000 บาท
ปัจจุบันโรงเรียนบ้านขะยูงได้เปิดสอนตั้งแต่ระดับชั้นอนุบาล 1 ถึง ชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 จำนวนนักเรียนทั้งสิ้น 93 คน ผู้บริหาร 1 คน ข้าราชการครู 3 คน ครูผู้ทรงคุณค่าแห่งแผ่นดิน 1 คน พนักงานราชการ 1 คน ครูพี่เลี้ยงเด็กพิการ 1 คนและเจ้าหน้าที่ธุรการ 1 คน โดยมี นายเสรี อุตสาหะ เป็นผู้อำนวยการโรงเรียน
ข้อมูลด้านการบริหาร
ชื่อ – สกุล ผู้อำนวยการโรงเรียน นายอิทธิกร พรมลี วุฒิการศึกษาสูงสุด ค.ด. สาขาวิชาการบริหารการศึกษา ดำรงตำแหน่งที่โรงเรียนนี้ตั้งแต่ วันที่ 13 เดือน มกราคม พ.ศ. 2563 จนถึงปัจจุบัน
เขตบริการของโรงเรียน
เขตบริการของโรงเรียน บ้านขะยูง ประกอบด้วย เขตพื้นที่การปกครองจำนวน 1 ตำบล 2 หมู่บ้าน ได้แก่ บ้านขะยูง และบ้านโนนโก
ประชากร
ประชากรในเขตบริการ ของโรงเรียนบ้านขะยูง มีประชากร รวมทั้งสิ้น 93 คน แยกเป็นชาย จำนวน 51 คน และหญิง จำนวน 42 คน โดยมีประชากรวัยเรียน (อายุ 4- 17 ปี) ที่อาศัยอยู่ในเขตบริการ จำนวน 135 คน หรือร้อยละ ของประชากรทั้งหมด