โรงเรียนบ้านกอย   ตั้งขึ้นเม่ือวันท่ี่ 15 กรกฎาคม 2482  เดิมตึั้งชื่อว่า โรงเรียนประชาบาลตำบลดู่ 6 (วัดบ้านกอย) โดยการนำของนายเต้ย  อรจันทร์  นายอำเภอราษีไศลและมีนายพูน  ตาแสง เป็นครูใหญ่คนแรก เปิดสอนในระดับชั้นเตรียมและชั้น ป.1-4 โดยอาศัยศาลาวัดบ้านกอยเป็นอาคารเรียน เม่ือกระทรวงศึกษาธิการประกาศให้ใช้หลักสูตรใหม่ พ.ศ. 2503 ได้เปฃี่ืยนช่ือเป็น  โรงเรียนบ้านกอย แต่ยังอาศัยศาลาวัดอยู่ตามเดิม  วันที่ 1 ตุลาคม 2509 ถูกโอนไปสังกัดองค์การลริหารส่วนจังหวัด กระทรวงมหาดไทย วันที่ 22 พฤษภาคม  2515  ชาวบ้านโดยการนำของนายบุญตรี  เครือแสง กำนันตำบลดู่  คณะครู โดยการนำของนายเสาร์  พิเดช ครูใหญ่ ร่วมกันหาเงินบริจาคได้จำนวน 20,000  บาท  สมทบกับเงินงบประมาณ  100,000 บาท ใช้กอ่สร้างอาคารเรียนหลังใหม่ แบบ ป.1 ซ ขนาด 4 ห้องเรียน  2 ชั้น ใต้ถุนสูงในที่ดินสาธารณประโยชน์เน่้ือที่ 24 ไร่ 1 งาน  82 ตารางวา  ซึ่งเป็นที่ตั้งของโรงเรียนในปัจจุบันและได้ย้ายจากศาลาวัดบ้านกอย มาขึ้นอาคารเรียนหลังใหม่เม่ือวันที่  15  กรกฎาคม  2515  วันที่ 1 ตุลาคม  2523 ถูกโอนไปสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติและในปีการศึกษา 2546  มีการยุบรวมสังกัดใหม่เป็นสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน  กระทรวงศึกษาธิการ  ปัจจุบันเปิดสอน 2 ระดับชั้น ได้แก่ ระดับปฐมวัย และระดับประถมศึกษา  ขึ้นกับสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาศรีสะเกษ เขต 2