โรงเรียนอนุบาลศรีสะเกษ เริ่มก่อตั้งในปี พ.ศ. 2504 โดยมี นายรังสรรค์ รังสิกุล ผู้ว่าราชการจังหวัดศรีสะเกษและเจ้าหน้าที่การศึกษาจังหวัดศรีสะเกษ ใช้ที่ดินราชพัสดุ ณ ริมหนองอุทัย ตำบลเมืองเหนือ เป็นที่ก่อตั้งอาคารเรียนได้เปิดทำการสอนเมื่อวันที่ 1  ธันวาคม 2511

        ปีการศึกษา 2511 ได้รับงบประมาณจากกรมสามัญ ก่อสร้างอาคารเรียน 1 หลัง แบบของกรมสามัญ  (อาคารแบบอนุบาล) 

        ในปีการศึกษา 2512 เปิดสอนในระดับชั้นอนุบาลปีที่ 1 จำนวน 2 ห้อง มีนักเรียน ทั้งหมด 71 คน  โดยมีนางสุชินา สุนทโร รักษาการในตำแหน่ง ครูใหญ่ มีครูทั้งหมด 3 คน

        ในปีการศึกษา 2514 ได้เปิดทำการสอนชั้นอนุบาลปีที่ 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 มีนักเรียนจำนวน 160 คน  มีครู 7 คน โดยมีนางศิริพร ไพบูลย์ รักษาการในตำแหน่ง ครูใหญ่

        ในปีการศึกษา 2522 ย้ายนักเรียนบางชั้นมาเรียนสถานที่ใหม่ (ที่ปัจจุบัน) โดยทำการย้ายชั้นประถมศึกษาปีที่ 5-6 มาก่อน

        ในปีการศึกษา 2523 ย้ายนักเรียนจากโรงเรียนเดิม(หนองอุทัย) มาเรียนสถานที่ใหม่ทั้งหมด มีครู 25 คน นักเรียน 821 คน เปิดสอนชั้นอนุบาลปีที่ 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 จำนวน 21 ห้องเรียน และเปลี่ยนสังกัดใหม่จากกรมสามัญศึกษาเป็นสำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ สังกัดกระทรวงศึกษาธิการ และได้เปลี่ยนมาเป็นสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาศรีสะเกษ เขต 1 สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน กระทรวงศึกษาธิการ

        ในปีการศึกษา 2514-2547 นางศิริพร ไพบูลย์ ดำรงตำแหน่งผู้บริหารโรงเรียน ตั้งแต่ครูใหญ่ อาจารย์ใหญ่ และผู้อำนวยการโรงเรียน ระดับ 9

        ในปีการศึกษา 2547–2554 นายทิวา รุ้งแก้ว ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนอนุบาลศรีสะเกษ

        ในปีการศึกษา 2554–2562 นายอภิวัฒน์  แสนคุ้ม ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการเชี่ยวชาญโรงเรียนอนุบาลศรีสะเกษ

        สภาพปัจจุบันโรงเรียนอนุบาลศรีสะเกษ เป็นโรงเรียนประถมศึกษาขนาดใหญ่ เปิดทำการสอน 2 ระดับ คือ ระดับก่อนประถมศึกษาและระดับประถมศึกษา ใช้หลักสูตรการศึกษาดังนี้

          1) ระดับก่อนประถมศึกษา ใช้หลักสูตรการศึกษาปฐมวัยพุทธศักราช 2546 จัดการศึกษาเพื่อส่งเสริมพัฒนาการผู้เรียนทั้ง 4 ด้าน สำหรับนักเรียนอายุ 4-5 ปี แบ่งเป็น 2 โครงการ ประกอบด้วย โครงการห้องเรียนปกติและโครงการห้องเรียนพิเศษภาษาอังกฤษ (English Program : EP)

          2) ระดับประถมศึกษาใช้หลักสูตรการศึกษาขั้นพื้นฐานตามหลักสูตรแกนกลางการศึกษาขั้นพื้นฐาน  พุทธศักราช 2551 มุ่งเน้นพัฒนาผู้เรียนให้มีความรู้ความสามารถ คุณธรรมจริยธรรม มีคุณลักษณะอันพึงประสงค์ สามารถดำรงตนในสังคมได้อย่างมีความสุข แบ่งเป็น 4 โครงการ ประกอบด้วย โครงการห้องเรียนทั่วไป  โครงการห้องเรียนพิเศษภาษาอังกฤษ (English Program : EP) โครงการห้องเรียนพิเศษ คณิตศาสตร์วิทยาศาสตร์ (Advance Program : AP) โครงการห้องเรียนพิเศษ ภาษาอังกฤษโดยใช้คณิตศาสตร์และวิทยาศาสตร์เป็นฐาน (Intensive English Program : IEP)

          โรงเรียนอนุบาลศรีสะเกษตั้งอยู่ที่ 998/38 ถนนวันลูกเสือ ตำบลเมืองใต้ อำเภอเมืองศรีสะเกษ   จังหวัดศรีสะเกษ รหัสไปรษณีย์ 33000  สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษา ศรีสะเกษ เขต 1  สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน กระทรวงศึกษาธิการ 

          มีเนื้อที่ 32 ไร่ 43.9 ตารางวา รหัสโรงเรียน 53/01/01/07

           ผู้บริหารคนปัจจุบัน  คือ นายสุรชาติ  ทอนศรี ตำแหน่ง ผู้อำนวยการเชี่ยวชาญโรงเรียนอนุบาลศรีสะเกษ

          โทรศัพท์/โทรสาร 045-611529 

          Website : http://www.anubansisaket.ac.th