โรงเรียนวัดบ้านตะโกตาพิตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 4 ธันวาคม พ.ศ. 2491 นายกระจ่าง สุขเกษม ศึกษาธิการอำเภอ ประโคนชัยเป็นผู้ก่อตั้งโดยได้รับอุปกรณ์จากราษฎรบ้านบาตร บ้านตะโกตาพิ ช่วยกันบริจาคสร้างเป็นโรงเรียนชั่วคราวหลังคามุงด้วยหญ้าคา มีนักเรียน 60 คน โดยมีนายเหรียญ ปราบริปู เป็นครูใหญ่ และนายใส เจือมประโคน เป็นครูประจำชั้น
โรงเรียนนี้เปิดสอนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 4 ดำเนินการสอนตามประมวลการสอนศึกษาพิเศษภาค 1 ตอน 1
ทำเนียบผู้บริหารสถานศึกษา
1. นายเหรียญ ปราบริปู พ.ศ. 2481 – 2485
2. นายสลัด พลวัน พ.ศ. 2485 – 2487
3. นายสมัย สิทธิวงศ์ พ.ศ. 2487 – 2489
4. นายสุธรรม สุขะกุล พ.ศ. 2489 – 2489
5. นายพร้อม พงษ์ทองมี พ.ศ. 2489 – 2492
6. นายเรียม กงประโคน พ.ศ. 2492 – 2502
7. นายณรงค์ พงษ์วิมลสวัสดิ์ พ.ศ. 2502 – 2504
8. นายพิศาล ทรงประโคน พ.ศ. 2504 – 2506
9. นายมั่น ศรีสุริยชัย พ.ศ. 2506 – 2512
10. นายธีระศิลป์ เทียมศักดิ์ พ.ศ. 2512 – 2516
11. นายจินต์ เวทย์วิมล พ.ศ. 2516 – 2524
12. นายมังกร ทรงสุนทรวงศ์ พ.ศ. 2524 – 2535
13. นายทองใบ สมภาค พ.ศ. 2535 – 2547
14. นายบุญเทียนชัย ไชยรัตน์ พ.ศ. 2547 – 2550
15. นายสมศักดิ์ พงศ์ไพบูลย์ศิริ พ.ศ. 2551 – 2554
16. นายเกษม ปาประโคน พ.ศ. 2554 – ปัจจุบัน