โรงเรียนบ้านหนองคูณพินทอง ตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 1 พฤษภาคม พ.ศ.2523 โดยราษฎรจาก บ้านหนองคูณและราษฎรบ้านพินทอง เป็นกำลังสำคัญในการก่อสร้าง โดยการเสียสละทรัพย์และแรงงานจัดหาวัสดุ เช่น ไม้ สังกะสี คิดเป็นจำนวนเงิน 15,000 บาท โดยสร้างเป็นอาคารชั่วคราวขนาดกว้าง 9 เมตร ยาว 18 เมตร ซึ่งเป็นอาคารเรียนแบบ ป. 1ซ มี 2 ห้องเรียน โรงเรียนบ้านหนองคูณพินทองเปิดเรียนทำการสอนครั้งแรก เมื่อวันที่ 7 พฤษภาคม พ.ศ. 2523 โดยนายประสิทธิ์ พูนสวัสดิ์ นายอำเภอประโคนชัย และนายเกษม พลวัน หัวหน้าการประถมศึกษาอำเภอประโคนชัยให้เกียรติ มาเป็นประธานประกอบพิธีเปิดโรงเรียนแห่งนี้ โดยเปิดสอนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 ถึง ชั้นประถมศึกษาปีที่ 4 ซึ่งได้แยกนักเรียนจากโรงเรียนบ้านหนองเก็ม มาจำนวน 30 คน และทางราชการได้แต่งตั้ง นายธีรศิลป์ เทียมศักดิ์ มารักษาการณ์ในตำแหน่งครูใหญ่ และแต่งตั้งนางนงเยาว์ สบายจิตร ข้าราชการครูโรงเรียนบ้านหนองเก็มมาช่วยราชการที่โรงเรียนแห่งนี้
วันที่ 19 มกราคม พ.ศ. 2525 โรงเรียนได้รับงบประมาณ จำนวน 155,000 บาท ต่อเติมอาคารเรียนแบบ ป. 1ซ จนแล้วเสร็จ
วันที่ 17 กรกฎาคม พ.ศ. 2525 โรงเรียนได้รับงบประมาณ จำนวน 21,700 บาท เพื่อสร้างส้วม แบบ ป. จำนวน 2 ที่นั่ง
วันที่ 21 ตุลาคม พ.ศ. 2527 โรงเรียนได้รับงบประมาณ จำนวน 600,000 บาท เพื่อก่อสร้างอาคารเรียนแบบ สปช. 105/26 จำนวน 3 ห้องเรียน
วันที่ 6 กันยายน พ.ศ. 2528 โรงเรียนได้รับงบประมาณ จำนวน 15,000 บาท เพื่อก่อสร้างเรือนเพาะชำ แบบ พ. 1 ขนาดกว้าง 4 เมตร ยาว 6 เมตร
วันที่ 23 มกราคม พ.ศ. 2530 โรงเรียนได้รับงบประมาณ จำนวน 200,000 บาท เพื่อก่อสร้างอาคารอเนกประสงค์
วันที่ 13 เมษายน พ.ศ. 2531 หน่วยพัฒนาบาดาลที่ 1 จังหวัดนครราชสีมา โดย กรมทรัพยากรธรณีมาขุดเจาะบ่อบาดาลที่ความลึก 36 เมตร ในเขตบริเวณโรงเรียน
วันที่ 4 กรกฎาคม พ.ศ. 2532 โรงเรียนได้รับงบประมาณ จำนวน 180,000 บาท เพื่อต่อเติมอาคารเรียนชั้นล่าง ของอาคารเรียนแบบ สปช. 105/26 จำนวน 3 ห้องเรียน รวมมีห้องเรียนทั้งสิ้น 6 ห้องเรียน
วันที่ 15 สิงหาคม พ.ศ. 2532 กรมทรัพยากรธรณีได้เปลี่ยนคันโยกบ่อบาดาลเป็น ซัมเมอรส์ 5 ใบพัดและทางโรงเรียนร่วมกับชาวบ้านก่อสร้างถังเก็บน้ำจำนวน 10 ท่อ เพื่อกักเก็บน้ำไว้ใช้ในโรงเรียน
วันที่ 16 พฤษภาคม พ.ศ. 2533 โรงเรียนได้รับงบประมาณ จำนวน 35,000 บาท เพื่อก่อสร้างถังเก็บน้ำฝนแบบ ฝ. 33 จำนวน 3 คอลัมภ์
วันที่ 18 พฤษภาคม พ.ศ. 2533 โรงเรียนได้รับงบประมาณ จำนวน 80,000 บาท เพื่อซ่อมแซมอาคารเรียนแบบ ป.1 ซ ปี พ.ศ. 2548 ได้รับมอบอาคารเรียน แบบ สปช. 105/26 จำนวน 3 ห้องเรียน จากพระครูสิทธิญาณโสภณ และราษฎรบ้านหนองคูณและบ้านพินทอง