โรงเรียนคลองแจ้งวิทยา มุ่งพัฒนาการจัดการเรียนการสอน เพื่อให้วิสัยทัศน์ของโรงเรียนบรรลุเป้าหมายตามเจตนารมณ์ที่ตั้งไว้ จึงได้กำหนดพันธกิจดังต่อไปนี้

๑.พัฒนาผู้เรียนให้มีทักษะทางด้านวิชาการ ดนตรีและกีฬา

๒.ส่งเสริมการใช้สื่อเทคโนโลยีในการแสวงหาความรู้ด้วยตนเอง

๓.ส่งเสริมผู้เรียนให้มีคุณธรรม ตามหลักเศรษฐกิจพอเพียง