โรงเรียนบ้านคลองธรรมชาติ ตั้งขึ้นเมื่อวันที่ ๑๕ เดือนพฤษภาคม พุทธศักราช ๒๕๑๘ โดยความร่วมมือของคณะกรรมการสถานศึกษาขั้นพื้นฐานและประชาชนในหมู่บ้านได้ร่วมกันบริจาคทรัพย์สินและแรงงาน ร่วมกันปลูกสร้างอาคารเรียนแบบ ป. ๑ ช.ขึ้น หนึ่งหลัง จำนวน ๒ ห้องเรียน  โดยนายบุญชนะ  อยู่เอี่ยม มารักษาการในตำแหน่งครูใหญ่ เปิดจัดการเรียนการสอนตั้งแต่ชั้น ป.๑ ถึงป. ๔ โดยมีนักเรียนจำนวน ๗๕ คน ต่อมานายชัยชนะ  เสนาะล้ำ มาดำรงตำแหน่งในปี ๒๕๒๑  และกระทรวงศึกษาธิการได้ให้งบประมาณมาก่อสร้างอาคารเรียนแบบ ป.๑ก จำนวน ๔ ห้องเรียน และในปี พ.ศ. พ.ศ. ๒๕๔๐ มีนายสมโชค เคลือบคลาย  ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน พ.ศ. ๒๕๔๐  ต่อมาในปีพ.ศ. 2548 มีนายปราโมท  อัมรักษ์ ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน  ได้รับงบประมาณจากกระทรวงศึกษาธิการให้มาก่อสร้างอาคารเรียนแบบ สปช. ๑๐๕/๒๙  จำนวน 4 ห้องเรียน ในปี พ.ศ. ๒๕๕๑ ได้รับเงินนอกงบประมาณจากมูลนิธิพูนพลังและระดมทุนทรัพย์จากคณะครู ผู้ปกครอง หน่วยงานและองค์กรอื่นๆในการสร้างอาคารบ้านเด็กน้อย ระดับชั้นอนุบาล ๑ – ๒  ปัจจุบันเป็นโรงเรียนขยายโอกาสจัดการเรียนการสอน ตั้งแต่ อนุบาล จนถึงชั้น มัธยมศึกษาปีที่ ๓ ปัจจุบันมีจำนวนนักเรียนทั้งหมด  226  คน