โรงเรียนวัดเจริญธรรม เปิดทำการสอนครั้งแรกเมื่อวันที่ ๒๐ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๔๘๒ โดยใช้ชื่อว่า “โรงเรียนประชาบาลตำบลคลองเรือ ๓ ( วัดใหม่เกาะลอย )” มีนายอ่อน สินธุเขตต์ เป็นครูใหญ่คนแรก ปี พ.ศ. ๒๔๙๓ วัดใหม่เกาะลอยได้ขออนุญาตเปลี่ยนชื่อเป็นวัดเจริญธรรม เนื่องจากชาวบ้านได้ขอย้ายวัดมาตั้งในที่แห่งใหม่ (ห้วยสิบบาท) โรงเรียนจึงขอชื่อว่า “โรงเรียนวัดเจริญธรรม” ตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา หลังจากนายอ่อน สินธุเขตต์ ครูใหญ่คนแรกลาออกจากราชการก็มีครูใหญ่หมุนเวียนมาดำรงตำแหน่ง แทนหลายคนจนถึงปี พ.ศ. ๒๔๙๐ นายจำรูญ เศรษฐผล ได้มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่จนถึงวันที่ ๑ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๒๓ จึงลาออกจากราชการและนายประสิทธิ์ ดวงดี ได้เข้ารับตำแหน่งครูใหญ่แทนตั้งแต่วันที่ ๑ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๒๓ เดิมโรงเรียนตั้งอยู่บริเวณวัดเจริญธรรม แต่เนื่องจากสถานที่คับแคบ ทางโรงเรียนจึงไปขอความอนุเคราะห์จากคุณพ่ออ่อน – คุณแม่พวง สินธุเขตต์ และนายประเสริฐ สินธุเขตต์ (บุตรชาย) ได้บริจาคที่ดินแปลงนี้รวมเนื้อที่ ๑๘ ไร่ ๒ งาน ๕๒ ตารางวา เพื่อใช้ก่อสร้างอาคารเรียนแห่งใหม่ เมื่อ พ.ศ. ๒๕๒๘ วันที่ ๗ กุมภาพันธ์ พ.ศ. ๒๕๒๙ ได้ประกอบพิธีวางศิลาฤกษ์อาคารเรียน โดยมีหลวงพ่ออาจารย์สมชาย ฐิตวิริโย วัดเขาสุกิม จังหวัดจันทบุรี เป็นองค์ประธานวางศิลาฤกษ์ ปี พ.ศ. ๒๕๓๑ ได้รับงบประมาณจำนวน ๘๐๐,๐๐๐ บาท ให้รื้อย้ายอาคารเรียนมาก่อสร้างใหม่จนเสร็จเรียบร้อย วันที่ ๒๒ มกราคม พ.ศ. ๒๕๓๒ ได้ทำพิธีเปิดป้ายอาคารเฉลิมพระเกียรติ ๖๐ พรรษา รัชกาลที่ ๙ โดยมีคุณปองพล อดิเรกสาร เป็นประธานเปิดป้ายและหลวงพ่ออาจารย์สมชาย ฐิตวิริโย วัดเขาสุกิม เป็นองค์ประธานเจิมป้าย
ปัจจุบันโรงเรียนวัดเจริญธรรม อยู่ในศูนย์กลางของตำบล มีสถานที่กว้างขวาง นับว่ามีประโยชน์อย่างยิ่งต่อการพัฒนาด้านการศึกษาในอนาคต
นับตั้งแต่เริ่มก่อตั้งโรงเรียนมาจนถึงปัจจุบัน โรงเรียนวัดเจริญธรรม มีผู้บริหาร ๗ ท่าน คือ
๑. นายอ่อน สินธุเขตต์ ครูใหญ่ พ.ศ. ๒๔๘๒ – ๒๔๘๖
๒. นายผล บัวมา รักษาการครูใหญ่ พ.ศ. ๒๔๘๖ – ๒๔๘๗
๓. นายชยันต์ สุวรรณอำไพ รักษาการครูใหญ่ พ.ศ. ๒๔๘๗ – ๒๔๙๐
๔. นายจำรูญ เศรษฐผล ครูใหญ่ พ.ศ. ๒๔๙๐ – ๒๕๒๓
๕. นายประสิทธิ์ ดวงดี ครูใหญ่ พ.ศ. ๒๕๒๓ – ๒๕๒๘
๖. นายประสิทธิ์ ดวงดี ผู้อำนวยการสถานศึกษา พ.ศ. ๒๕๒๘ – ๒๕๔๔
๗.นายประสิทธิ์ ดวงดี ผู้อำนวยการสถานศึกษา วันที่ ๑ ต.ค. ๒๕๔๔ – ๓๐ ก.ย. ๒๕๔๙
๘. นายเกษม เบ้าศรี รักษาราชการแทนผู้อำนวยการสถานศึกษา วันที่ ๒ ต.ค. ๔๙ –๑๐ ม.ค.๕๐
๙. นายพิชาติ แก้วกิริยา ผู้อำนวยการสถานศึกษา วันที่ ๑๑ ม.ค. ๕๐ – ปัจจุบัน