โรงเรียนวัดสันติวิหาร(ขันธสาประชานุเคราะห์) เดิมตั้งอยู่บริเวณวัดแก้วเกาะลอย (ในปัจจุบัน) ก่อนที่จะได้ชื่อว่าโรงเรียนประชาบาล ๒ (วัดเกาะลอย) ทางวัดเปิดสอนก่อนอย่างไม่เป็นทางการมาแล้วประมาณ ๓ ปี มีนักเรียน ๖๐ คน ในวันที่ ๔ มิถุนายน ๒๔๘๑ นายอำเภอหนองแคได้ออกคำสั่งเลิกล้มโรงเรียนเพราะขัดต่อกฎหมายว่าด้วยการประถมศึกษาทำให้เด็กที่เคยได้เรียนหมดโอกาสทางการศึกษา
นายผล นวะบุตร กำนันตำบลโคกตูมและพระอธิการบางเจ้าอาวาสวัดเกาะลอย พร้อมด้วยชาวบ้าน เช่น นายโป้ แหลมหลัก นายยศ ใจหาญ นายเพ็ง นายโทน นายกิ พร้อมด้วยราษฎรอีก ๓๕ คน ได้ร่วมกันยื่นคำร้องต่อนายอำเภอหนองแค ขอจัดตั้งเป็นโรงเรียนขึ้นเพื่อให้ถูกต้องตามกฎหมายและทางราชการได้อนุญาตให้จัดตั้งได้อย่างเป็นทางการตั้งแต่วันที่ ๒๑ พฤศจิกายน ๒๔๘๑ เป็นต้นไป ได้ชื่อว่าโรงเรียนประชาบาล ๒ (วัดเกาะลอย) ใช้ศาลาการเปรียญของวัดเกาะลอยเป็นสถานที่เล่าเรียน มีพระภิกษุทองสุข พบร่มเย็น และสามเณรทองคำ คำประไพ เป็นครูอาสาสมัครสอน เปิดสอนตั้งแต่ระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ ๔
วันที่ ๑๕ เมษายน ๒๔๙๐ พระอธิการเขียน สุขคำ (ขนธสาโร) เจ้าอาวาสพร้อมด้วยชาวบ้าน มีมติให้ยุบวัดเกาะลอยย้ายมาสร้างวัดใหม่ในหมู่ที่ ๖ ตำบลโคกตูม ข้างคลองระพีพัฒน์เปลี่ยนชื่อวัดจากวัดเกาะลอยเป็นวัดสันติวิหาร โรงเรียนได้ย้ายมาด้วยจึงเปลี่ยนชื่อโรงเรียนเป็นโรงเรียนประชาบาล ๒ (วัดสันติวิหาร) ใช้ศาลาการเปรียญของวัดสันติวิหารเป็นสถานที่เล่าเรียนตลอดมา
ต่อมาพระอธิการเขียน (ขนธสาโร) เจ้าอาวาสวัดสันติวิหาร นายสมุทร สังขทิพย์ ครูใหญ่และคณะครูได้ร่วมกันชักชวนชาวบ้าน ผู้ปกครอง นักเรียน ได้ร่วมกันบริจาคทรัพย์เพื่อดำเนินการเริ่มต้นสร้างเป็นอาคารเรียนแบบเอกเทศและวัดหาที่ดินเพื่อสร้างอาคารเรียนนำโดย พ.อ. จรัส ประเสริฐศรีนำคณะสัสดีต่างประเทศมาทอดกฐินได้เงิน ๓๐,๖๐๐ บาท พ.ท. ผัน คุณนายทองสุข ไชยโย ให้ที่ดิน ๒ ไร่ ๒ งาน นางหล้า มะลิจันทร์และทางวัดร่วมกันจัดซื้อที่ดินอีก ๑ ไร่ ๒ งาน รวมเป็น ๔ ไร่ ออกโฉนดเป็นชื่อวัดสันติวิหารแต่อนุญาตให้โรงเรียนใช้ประโยชน์
วันที่ ๑๑ กุมภาพันธ์ ๒๕๑๑ เวลา ๐๙.๒๑ น. พ.ท. หลวงจป กระบวนยุทธ์ บิดาของท่านจงกล กิตติขจร เป็นประธานวางศิลาฤกษ์ อาคารแบบ ๑๐๘ ได้รับบริจาคงบประมาณ ๒๔๐,๐๐๐ บาท มีห้องเรียน ๖ ห้องเรียน ห้องพักครู ๑ ห้อง และห้องมุขอีก ๒ ห้อง ย้ายมาเรียนอาคารหลังใหม่ เมื่อ วันที่ ๓ พฤษภาคม ๒๕๑๒
วันที่ ๒๕ สิหาคม ๒๕๑๓ ได้รับงบประมาณ ๔๕,๐๐๐ บาท มาต่อเติมเพดาน ทางเข้า และบันได ๔ ด้าน
วันที่ ๗ กุมภาพันธ์ ๒๕๑๔ เวลา ๑๔.๐๐ น. นายสุกิจ นิมมานเหมินทร์ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการมาเป็นประธานเปิดป้าย โรงเรียนวัดสันติวิหาร(ขันธสาประชานุเคราะห์)
วันที่ ๑๘ เมษายน ๒๕๑๗ ได้รับงบประมาณ(เงินผัน) ๑๕๗,๕๐๐ บาท เป็นค่าต่อเติมอาคารเรียน เพิ่มทางมุขทิศตะวันออก อีก ๒ ห้อง เป็นเงิน ๑๕๐,๐๐๐ บาท สร้างส้วม ๔ ห้องพร้อมที่ปัสสาวะชาย เป็นเงิน ๗,๕๐๐ บาท
ปีงบประมาณ ๒๕๑๘ ได้รับงบประมาณสร้างบ้านพักครูแบบกรมสามัญ ๒ ห้องนอน ๑ หลังเป็นเงิน ๓๐,๐๐๐ บาท
ปีงบประมาณ ๒๕๒๐ ได้รับงบประมาณสร้างบ้านพักครูแบบกรมสามัญ ๒ ห้องนอน ๑ หลัง เป็นเงิน ๔๘,๐๐๐ บาท
ปีงบประมาณ ๒๕๒๗ ได้รับงบประมาณสร้างส้วม สปช. ๖๐๑ จำนวน ๔ ที่นั่ง เป็นเงิน ๓๕,๐๐๐ บาท
ปีงบประมาณ ๒๕๓๓ ได้รับงบประมาณสร้างอาคารอเนกประสงค์ แบบสปช. ๒๐๒ เป็นเงิน ๒๗๕,๐๐๐ บาท แล้วเสร็จ วันที่ ๑๕ มกราคม ๒๕๓๔
วันที่ ๑๒ สิงหาคม ๒๕๓๓ ได้รับเงินจาก ส.ส. ปองพล อดิเรกสาร สร้างส้วม ๔ ที่นั่ง แบบ สปช.๖๐๔/๔๕ เป็นเงิน ๑๖๓,๐๐๐ บาท
วันที่ ๑๓ กันยายน ๒๕๓๘ ได้รับหนังสือจาก สปอ หนองแค ที่ ศธ ๑๔๖๘/๒๖๖๖ ลงวันที่ ๑๑ กันยายน ๒๕๓๘ เรื่องการล้มเลิกโรงเรียนวัดโคกแดง(ราษฎร์สามัคคี) ให้โอนเอกสารทางราชการและทรัพย์สินมาอยู่ในความดูแลของโรงเรียนวัดสันติวิหาร(ขันธสาประชานุเคราะห์) จนถึงขณะนี้อาคารเรียนและสิ่งปลูกสร้างต่าง ๆ ทางราชการได้ขายนำเงินเข้าเป็นรายได้แผ่นดิน บางส่วนสำหรับตัวอาคารเรียนทางราชการได้ยกให้โรงเรียนวัดบ้านลาดรื้อย้ายไปหมดแล้ว
วันที่ ๕ กุมภาพันธ์ ๒๕๔๗ – ๒๙ ธันวาคม ๒๕๔๙ แม่ชีคำพรวน ภู่สุวรรณ และคณะได้บริจาคเงินยกอาคารเรียนให้สูง ต่อเติมใต้ถุนอาคาร ห้องคอมพิวเตอร์ เปลี่ยนหลังคาต่อเติมอาคารอเนกประสงค์ ฯลฯ เป็นเงิน ๔,๐๕๗,๕๘๔ บาท
ปีการศึกษา ๒๕๕๑ โรงเรียนได้รับรางวัลระดับเหรียญทองตามโครงการโรงเรียนส่งเสริมสุขภาพของสำนักงานสาธารณสุขจังหวัดสระบุรี
ปีการศึกษา ๒๕๕๒ โรงเรียนได้เข้าร่วมโรงเรียนที่มีความพร้อมในการใช้หลักสูตรแกนกลางสถานศึกษาขั้นพื้นฐาน พุทธศักราช ๒๕๕๑ ของสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสระบุรี เขต ๒
ปีการศึกษา ๒๕๕๔ โรงเรียนได้รับรางวัลเกียรติยศเชิดชูเกียรติระดับทองแดง โครงการโรงเรียนน่าอยู่ ของสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสรุบรี เขต ๒
ปีการศึกษา ๒๕๕๕ โรงเรียนส่งเสริมด้านดนตรีไทยนักเรียนได้รับรางวัลเหรียญทอง ในงานศิลปหัตกรรมนักเรียนภาคกลางและภาคตะวันออก ได้แก่วงปี่พาทย์ไม้แข็งเครื่องคู่ ระดับชั้น ป.๑ - ป.๖
ปีการศึกษา ๒๕๕๖ โรงเรียนส่งเสริมดนตรีไทยนักเรียนได้รับรางวัลเกียรติบัตรเหรียญทอง ในงานศิลปหัตกรรมนักเรียนภาคกลางและภาคตะวันออก ที่จังหวัดเพชรบุรี ได้รับรางวัลเกียรติบัตรเหรียญทอง ได้แก่เดี่ยวฆ้องวงใหญ่ ได้รับรางวัลเกียรติบัตรเหรียญเงิน วงปี่พาทย์ไม้แข็งเครื่องคู่ ระดับชั้น ป.๑ - ป.๖ และระนาคทุ้ม ได้รับรางวัลเกียรติบัตรเหรียญทองทองแดง เดี่ยวระนาดเอก
ปีการศึกษา ๒๕๕๗ โรงเรียนส่งเสริมดนตรีไทยนักเรียนได้รับรางวัลเกียรติบัตรเหรียญทอง ในงานศิลปหัตกรรมนักเรียนภาคกลางและภาคตะวันออก ที่จังหวัดนนทบุรี ได้รับรางวัลเกียรติบัตรเหรียญทอง ได้แก่วงปี่พาทย์ไม้แข็งเครื่องคู่ ระดับชั้น ป.๑ - ป.๖ ได้รับเกียรติบัตรเหรียญเงินได้แก่ เดี่ยวฆ้องวงใหญ่ ได้รับเกียรติบัตรเหรียญทองแดงได้แก่ เดี่ยวระนาดเอก
ปีการศึกษา ๒๕๕๘ โรงเรียนส่งเสริมดนตรีไทยนักเรียนได้รับรางวัลเกียรติบัตรเหรียญทอง ในงานศิลปหัตกรรมนักเรียนระดับเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสระบุรีเขต ๒ ได้รับรางวัลเกียรติเหรียญทอง ได้แก่วงปี่พาทย์ไม้แข็งเครื่องคู่ ระดับชั้น ป.๑-ป.๖ เดี่ยวฆ้องวงใหญ่ เดี่ยวฆ้องวงเล็ก เดี่ยวระนาดเอก เดี่ยวระนาดทุ่ม
ปีงบประมาณ ๒๕๕๙ ได้งบประมาณก่อสร้างอาคารเรียนแบบ สปช. ๑๐๕/๒๙ ปรับปรุงอาคารเรียน ๒ ชั้น ๗ ห้องเรียน ชั้นบน ๔ ห้องเรียน ชั้นล่าง ๓ ห้องเรียน งบประมาณ ๓,๘๙๙,๙๐๐.๐๐ บาท
ปีการศึกษา ๒๕๕๙ โรงเรียนส่งเสริมดนตรีไทยนักเรียนได้รับรางวัลเกียรติบัตรเหรียญทอง ในงานศิลปหัตกรรมนักเรียนระดับเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสระบุรีเขต ๒ ได้รับรางวัลเกียรติบัตรเหรียญทอง ได้แก่วงปี่พาทย์ไม้แข็งเครื่องคู่ ระดับชั้น ป.๑-ป.๖ เดี่ยวฆ้องวงใหญ่ เดี่ยวฆ้องวงเล็ก เดี่ยวระนาดเอก เดี่ยวระนาดทุ่ม เดี่ยวฆ้องวงใหญ่ ระดับชั้น ป.๑-ป.๖ ได้รับรางวัลระดับเหรียญเงิน งานศิลปหัตถกรรมกรรมนักเรียน ระดับภาคกลางและภาคตะวันออก ครั้งที่ ๖๖ จังหวัดจันทบุรี
ปีการศึกษา ๒๕๖๐ โรงเรียนส่งเสริมดนตรีไทยนักเรียนได้รับรางวัลเกียรติบัตรเหรียญทอง ในงานศิลปหัตกรรมนักเรียนระดับเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสระบุรีเขต ๒ ได้รับรางวัลเกียรติบัตรเหรียญทอง ได้แก่วงปี่พาทย์ไม้แข็งเครื่องคู่ ระดับชั้น ป.๑-ป.๖ เดี่ยวฆ้องวงใหญ่ เดี่ยวฆ้องวงเล็ก เดี่ยวระนาดเอก เดี่ยวระนาดทุ่ม
ปีงบประมาณ ๒๕๖๑ ได้รับงบประมาณจัดตั้งห้องศูนย์ภาษาและเทคโนโลยี จากกองทุนพัฒนาไฟฟ้า บริษัท กัลฟ์ จีพี เอ็นเอส จำกัด สระบุรี งบประมาณ ๕๐๐,๐๐๐. บาท
ปีงบประมาณ ๒๕๖๑ โรงเรียนส่งเสริมดนตรีไทยนักเรียนได้รับรางวัลเกียรติบัตรในงานศิลปหัตถกรรมนักเรียนระดับชาติ ครั้งที่ ๖๘ ณ จังหวัดนครปฐม ได้รับรางวัลเกียรติบัตรเหรียญทอง ได้แก่ กิจกรรมเดี่ยวฆ้องวงเล็ก ระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑-๖ และรางวัลเกียรติบัตรเหรียญเงิน ได้แก่ กิจกรรมเดี่ยวฆ้องวงใหญ่ ระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑-๖
วันที่ ๗ กุมภาพันธ์ ๒๕๖๒ สีลจารินี อนาวิลา (แม่ชีคำพรวน ภู่สุวรรณ) และคณะลูกศิษย์ ได้มอบอาคารโดมโล่ง งบประมาณ ๔,๐๙๐,๐๐๐ บาท ให้กับโรงเรียนเพื่อใช้ในการจัดกิจกรรมในโรงเรียน
ปีงบประมาณ ๒๕๖๒ โรงเรียนส่งเสริมดนตรีไทยนักเรียนและกิจกรรมชุมชนดนตรีได้รับรางวัลเกียรติบัตรในงานศิลปหัตถกรรมนักเรียนระดับชาติ ครั้งที่ ๖๙ ณ จังหวัดสมุทรปราการ ได้รับรางวัลเกียรติบัตรเหรียญทอง ได้แก่ กิจกรรมเดี่ยวฆ้องวงเล็ก ระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑-๖ กิจกรรมเดี่ยวฆ้องวงใหญ่ ระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑-๖ และรางวัลเกียรติบัตรเหรียญเงิน ได้แก่ กิจกรรมขับร้องเพลงพระราชนิพนธ์ประเภทนักร้องหญิง ระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑-๖
ปัจจุบันเปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้น อนุบาลปีที่ ๒ ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ ๖ มีนักเรียน ๑๒๙ คน เป็นข้าราชการครูจำนวน ๘ คน พนักงานราชการ ๑ คน ครูอัตราจ้าง ๒ คน เจ้าหน้าที่ธุรการ ๑ คน มีพระภิกษุสอนธรรมศึกษา จากวัดสันติวิหาร โดยมี พระครูอาคมสิทธิสุนทร เป็นเจ้าอาวาส และมี นางสาวนพวรรณ ชุบไธสง เป็นผู้บริหารสถานศึกษาคนปัจจุบัน