โรงเรียนวัดเขาหนีบ ก่อตั้งเมื่อวันที่ 28 กรกฎาคม 2581 โดยอาศัยศาลาการเปรียญของวัดนาจาน (วัดเขาหนีบ) เป็นสถานที่เรียน ได้รับงบประมาณจากหน่วยงานต้นสังกัด เพื่อก่อสร้างอาคารเรียนหลังแรก เมื่อปี พ.ศ. 2541 เป็นอาคารแบบ ป 1 ฉ จำนวน 4 ห้องเรียน เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้น ป.1-4 เรื่อยมา
ต่อมาในปี พ.ศ. 2528 โรงเรียนวัดเขาหนีบได้ย้ายออกมาจากสถานที่ของวัดตามนโยบายของสำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดลพบุรีที่ต้องการให้โรงเรียนอยู่ใกล้เขตที่พักอาศัยของทหารเพื่อให้ครอบครัวทหารได้ส่งบุตรหลานเข้ามาเรียนได้ โดยพระอาจารย์กิตติญาโน สำนักสงฆ์วัดถ้ำสระบัว ได้บริจาคที่ดินให้เป็นสถานที่ตั้งของโรงเรียนในเขต หมู่ที่ 7 ตำบลท่าศาลา อำเภอเมืองลพบุรี จังหวัดลพบุรี เป็นจำนวน 4 ไร่
ในปี พ.ศ. 2531 โรงเรียนได้เปิดสอนถึงระดับชั้น ป.6 และในปี พ.ศ. 2533 คณะกรรมการศึกษาได้ร่วมกันซื้อที่ดินบริจาคเพิ่มเติมอีกจำนวน 2 ไร่ ต่อมาปี พ.ศ. 2533 หลวงพ่อกรีปภัสโร วัดอู่ข้าว ตำบลคลองเจ็ด อำเภอคลองหลวง จังหวัดปทุมธานี ได้บริจาคที่ดินเพิ่มเติมอีกจำนวน 2 ไร่ รวมเป็นที่ดินของโรงเรียนทั้งหมด จำนวน 8 ไร่ หลังจากนั้น โรงเรียนวัดเขาหนีบได้รับการพัฒนาให้เจริญก้าวหน้าโดยความร่วมมือของประชาชนผู้ปกครองนักเรียน หน่วยงานของทหารในจังหวัดลพบุรี คณะกรรมการศึกษา และคณะครูในโรงเรียนเรื่อยมาจนถึงปัจจุบัน